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郭睿
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期刊论文
意大利蜜蜂幼虫肠道的miRNAs的生物信息学预测及分析
应用昆虫学报，2018，55（6）：1023-1033 | 2018年11月26日
【目的】 蜜蜂肠道是食物消化和营养吸收的主要部位，同时也是抵御病原侵染的的重要场所。本研究旨在对意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica（简称意蜂）幼虫肠道的microRNAs（miRNAs）及其靶基因进行深入分析，进而解析miRNAs在幼虫肠道发育和生长过程中的作用。【方法】 利用small RNA-seq（sRNA-seq）技术对意蜂4、5和6日龄幼虫肠道进行测序，通过相关生物信息学软件对意蜂幼虫肠道的miRNAs进行预测及分析。利用TargetFinder软件预测miRNAs的靶基因，然后将靶基因通过BLAST软件进行GO和KEGG数据库的功能注释。利用Cytoscape软件构建miRNAs与其靶向结合的mRNAs的调控网络。【结果】 意蜂幼虫肠道样品的测序共获得96 329 456条有效标签序列（Clean tags），预测出560个miRNAs，包括45个novel miRNAs。上述miRNAs的长度主要分布在17-27 nt之间，且不同长度的miRNAs的首位碱基偏向性具有明显差异。表达量聚类分析结果显示，331个miRNAs为4、5和6日龄幼虫肠道所共有且表达量较为稳定，随着发育时间延长，特有miRNAs的表达水平呈总体增加的趋势。利用TargetFinder软件共预测出16 479个意蜂幼虫肠道的靶基因，其中有8 132和3 361个可分别注释到GO和KEGG数据库，进一步分析发现有224个靶基因注释在Wnt信号通路，分别有2个和27个靶基因与保幼激素和蜕皮激素的调控密切相关。【结论】 本研究在全基因组水平对意蜂幼虫肠道的miRNAs进行预测和分析，研究结果不仅丰富了意蜂的miRNAs信息，也为深入研究意蜂幼虫肠道的生长发育机理打下了初步基础。
【免责声明】以下全部内容由[郭睿]上传于[2020年05月06日 15时30分24秒]，版权归原创者所有。本文仅代表作者本人观点，与本网站无关。本网站对文中陈述、观点判断保持中立，不对所包含内容的准确性、可靠性或完整性提供任何明示或暗示的保证。请读者仅作参考，并请自行承担全部责任。
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