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郭睿
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期刊论文
基于中华蜜蜂幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂基因组的基因结构优化及新基因鉴定
中国农业大学学报，2019，24（3）：86-93 | 2019年03月15日
东方蜜蜂（Apis cerana）全基因组测序工作已经完成，但其基因结构和注释信息仍需进一步完善。本研究利用前期获得的中华蜜蜂（Apis cerana cerana）幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂基因组的已注释基因进行结构优化、对未注释的新基因进行预测、分析和鉴定。利用 Cufflink 软件对 reads 进行转录本重构，通过与参考转录本序列进行比较，共对3366个东方蜜蜂的基因结构进行了优化。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对，共预测出527个东方蜜蜂的新基因，其中234个新基因在Nr 和KEGG数据库中存在注释信息随机选取12个新基因进行PCR鉴定，有11个能够扩增出符合预期的目的片段，表明多数预测出的新基因真实存在。GO分类和KEGG代谢通路分析结果显示上述新基因可能在东方蜜蜂的生长发育、物质代谢、遗传信息传递等方面具有重要功能。研究结果丰富和完善了东方蜜蜂基因组的基因结构与功能注释信息，也为新基因的功能研究打下了初步基础。
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