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李梦龙

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期刊论文

Analyzing functional similarity of protein sequences with discrete wavelet transform

李梦龙， Zhi-ning Wena ，， Ke-long Wanga ， Meng-long Lia ， b ， ∗ ， Fu-sheng Nieb ， Yi Yangc

Computational Biology and Chemistry 29(2005)220-228，-0001，（）：

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摘要/描述

This paper applies discrete wavelet transform (DWT) with various protein substitution models to find functional similarity of proteins with low identity. A new metric, 'S' function, based on the DWT is proposed to measure the pair-wise similarity. We also develop a segmentation technique, combined with DWT, to handle long protein sequences. The results are compared with those using the pair-wise alignment and PSI-BLAST.

关键词: Discrete wavelet transform ， Protein sequence analysis ， Substitution model ， Functional similarity e ， v ， a ， l ， uation

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