选取了中国大陆东部6个水系合计110个绒螯蟹个体，通过DNA序列测定和PCR/RFLP分析，对线粒体16s rDNA部分片段的序列变异进行研究结果表明，在401bp的16s rDNA片段中，合浦绒螯蟹(Eruocheir japonica hepuensis)与中华绒螯蟹(E. j. sinensis)之间存在3～4个固定的碱基替代；合浦绒螯蟹的闽江、九龙江和南流江种群之间未发现碱基变异，表现为1种单元型(C型)；中华绒螯蟹长江和辽河的种群中，有1个固定的碱基替代，表现为A，B两种单元型单元型之间的碱基变异反映了绒螯蟹地理种群之间的遗传歧异经，Jrn I酶切形成的16s rDNA酶切片段差异，为2个亚种的鉴定提供了一种准确、简捷的DNA分子标记对长江水系部分水域绒螯蟹的分子鉴定提示，长江下游至长江口以中华绒螯蟹的2个单元型为主，但已混有合浦绒螯蟹的单元型。在江苏、安徽渔场中的饲养种群分别属于单元型A型和B型16s rDNA的PCR/RFLP差异可作为正确鉴定中华绒螯蟹和合浦绒螯蟹的分子鉴定标记；16s rDNA片段中1个固定位点的碱基替代可作为区分中华绒螯蟹两种单元型的分子鉴定标记。