当前，军队感染病学科面临两大挑战；①新发感染病（EID）及生物恐怖主义和生物战争的威胁，使学科的军事医学特征明显突出；②面对军队精简整编，专业人员产生多种想法。军队感染病学科的机遇是：①学科在军事医学中的地位明显增高；②当前EID的出现和生物恐怖主义的威胁，均与军事医学密切相关；③感染病仍一直是军人和百姓的常见病及多发病；④与地方相比，军队感染病学科仍处于国内领先地位；⑤一旦出现像2003年北京SARS流行那样的局面，最为快速和有效的方法仍是调动军队专业人员，组成医疗队开赴疫区。我军感染病学科建设与对策：①拓展学科范围；②加强学科及队伍的建设；③健全EID防治体系。21世纪军队感染病学科发展展望：①学科的军民两用特色更加突出；②学科精简与拓展并行不悖；③学科间交叉和协作将日益增多。