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利用RNA-Seq技术研究小麦芒长发育相关基因

Comparative transcriptional analysis of two near-isogenic wheat lines of awn-inhibitor gene B1 using RNA-Seq

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李丹丹,高亚男,鲍印广,王洪刚,李兴锋

(山东农业大学农学院;山东农业大学作物生物学国家重点实验室)

摘要:芒是小麦穗部重要的形态和光合器官,位于5A染色体长臂的小麦B1基因抑制小麦穗中下部的芒长发育。本研究以一对芒长存在差异的近等基因系SN051-1(有芒 b1b1)和SN051-2(无芒B1B1)及其F1(无芒B1b1)、F2有芒植株(b1b1)和无芒植株(B1B1、B1b1)为研究材料,利用RNA-Seq技术对芒的发育相关基因进行研究。转录组测序结果共得到Clean data总碱基数为48.06 Gbp,Q30均在85.01%以上;在亲本SN051-1(有芒 b1b1)和SN051-2(无芒B1B1)以及F1(无芒B1b1)中共获得180个共同差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中在无芒材料中表达上调的有56个差异基因,表达量下调的有134个差异基因;引入F2(无芒B1B1、B1b1,有芒b1b1)结果得到22个共同差异表达基因,其中在无芒材料中表达上调的有4个差异基因,表达量下调的有18个差异基因;对在无芒材料中表达上调的4个差异基因进行实时荧光定量PCR(real time fluorescence quantitative PCR, qRT-PCR),结果表明c18073.graph_c0、c55090.graph_c0和c73118.graph_c0等3个基因的基因表达模式与RNA-Seq结果基本相符。

关键词:作物育种学与良种繁育学;小麦;芒;近等基因系;RNA-Seq;实时荧光定量PCR

该论文主要采用RNA-Seq技术研究小麦芒长发育相关基因,属于生物信息学有关转录组方面的研究内容。试验选题偏重理论研究,研究的基因也比较具体、简单。试验设计合理,分析方法正确,推荐为年度优秀论文。

综合指数: 59

推荐指数:87
关注指数:53
动态指数:29

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  评论 802
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user1199501:文章内容很棒!赞一个!

2017-05-24 16:37:06
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user1202555:非常好的一篇文章。

2017-05-17 18:18:35
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user1199503:应用RNA-seq的一篇非常好的文章!

2017-05-16 17:20:11
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user1202555:值得精读!

2017-05-16 16:37:02
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user1203023:深度好文!

2017-05-16 16:25:11
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