用复杂网络的方法研究加权构象空间的拓扑性质

赖再枝; 苏计国; 陈慰祖; 王存新

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Study on topological properties of weighted conformation space using complex network

首发时间：2008-03-03

Lai Zaizhi ¹ Ji Guo SU ¹ Wei Zu CHEN ¹ Cun Xin WANG ¹

1、College of Life Science and Bioengineering, Beijing University of Technology

Abstract：The conformation space generated by a short two-dimensional lattice chain is mapped to a network. The conformations are the vertices of the network and the transitions between them are links. It has been found that this network has the “small-world” properties without considering the interaction energy of the monomer. To illustrate the influence of the interaction energy on the property of the conformation space network, the hydrophobic-polar lattice model was adopted and a method of weighting was proposed to study this network. When the weight based on the interaction energy of the monomer is added to the network, it is found that the weighted network shows the “scale-free” property. The result indicates that the weight is important for the topology of the conformation space network.

keywords： complex networks, conformation space

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用复杂网络的方法研究加权构象空间的拓扑性质

赖再枝 ¹ 苏计国 ¹ 陈慰祖 ¹ 王存新 ¹

1、北京工业大学生命科学与生物工程学院

摘要：由二维格点链产生的所有构象被连接成网络。在这个网络中，格点链的构象做为网络中的节点而构象之间的转变产生网络中的边。研究发现，如果没有考虑能量的因素，这样的网络具有“小世界”特性。为了阐明能量对于网络拓扑性质的重要性，我们用HP格点模型构建了能量加权网络，研究发现，该加权网络出现无标度的特性。

关键词：复杂网络构象空间

基金：

1. 国家自然科学基金,国家自然科学基金,教育部博士点基金（10574009, 30670497,20040005013）

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Lai Zaizhi,Ji Guo SU,Wei Zu CHEN,et al. Study on topological properties of weighted conformation space using complex network [EB/OL]. Beijing:Sciencepaper Online[2008-03-03]. http://www.paper.edu.cn/releasepaper/content/200803-7.

No.1896110135812045****

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论文编号	200803-7
论文题目	用复杂网络的方法研究加权构象空间的拓扑性质
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