丹参EST序列中SSR信息的分析及分子标记的建立

宋杰; 严铸云; 张琦; 陈新; 马云桐; 王 菁; 杨新杰

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丹参EST序列中SSR信息的分析及分子标记的建立

首发时间：2009-01-24

宋杰 ¹ 严铸云 ¹ 张琦 ¹ 陈新 ¹ 马云桐 ¹ 王菁 ¹ 杨新杰 ¹

1、成都中医药大学中药材标准化教育部重点实验室

摘要：本文对从NCBI下载的鼠尾草属11747条EST序列（其中，丹参10228条）进行分析，搜索到含SSR的序列1911条，共含有SSR 2156个，出现频率为18.35%。在丹参EST-SSR中，核苷酸重复基元种类共77种。单核苷酸重复最多，出现频率为10.45%，二、三核苷酸的出现频率为3.72%、4.40%。三核苷酸重复中ACG/CTG为主要类型，占27.3%。共设计引物143对，合成13对（其中，丹参6对，Salvia Fruticosa 7对），在对引物、dNTP、MgCl2进行测试后，建立了合适的PCR反应体系。引物筛选发现7对引物（丹参6对，S. fruticosa 1对）对丹参基因组DNA均有良好的扩增，并对11个不同产地丹参样品进行扩增均呈现良好的多态性。本研究结果证明根据丹参EST资源建立丹参EST-SSR标记是可行的。

关键词：丹参 EST SSR信息分子标记

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Analysis of SSR information in EST resource of Salvia miltiorrhiza and development of EST-SSR Marker in it

Song Jie ¹ Yan Zhu-yun ² Zhang qi ¹ Chen Xin ¹ Ma Yuntong ¹ Wang Jing ¹ Yang Xinjie ¹

1、Key Lab. of Ministrty of Education Chinese Medicinal Standerdization Lab. , Chendu University of Traditional Chinese Medicin
2、Key Lab. of Ministrty of Education Chinese Medicinal Standerdization Lab. , Chendu University of Traditional Chinese Medicin

Abstract：11747 ESTs of Slvia genus which contain 10228 ESTs of S. miltiorrhiza in the database of NCBI were downloaded and analysised. By searching with Active Perl, totally 2156 SSRs distributed in 1911 ESTs were detected , accounting for 18.35%, and 77 kinds of repeat motifs were mined out . The mononucleotide repeat is the dominant type , accounting for 10.45% . The frequency of occurrence of dinucleotide and trinucleotide is 3.72% and 4.40%. The most common repeat motifs of trinucleotide is AGG/CTG , accounting for 27.3%. 143 pairs of primer were designed , and 13 pairs of which 6 pairs from S. miltiorrhiza and 7 pairs from S.fruticosa were synthesized by TaKaRa Biotechnology (Dalian) Co., Ltd . After testing on the concentration of primers, dNTP and MgCl2 , a suitable PCR system was established. Screening against genomic DNA of S. miltiorrhiza , and 7 primer pairs showed the amplication. Then the primer showing amplication were subjected to PCR for DNAs from 11 S. miltiorrhiza cultivars and all the 7 primer pairs showed polymorphism. Results prove that it is an effective and feasible approach to develop SSR markers based on ESTs in S. miltiorrhiza .

Keywords： Salvia miltiorrhiza EST SSR information marker development

基金：

1. 国家十一五科技支撑计划项目（2006BAI09B03-4）

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宋杰，严铸云，张琦，等. 丹参EST序列中SSR信息的分析及分子标记的建立[EB/OL]. 北京：中国科技论文在线 [2009-01-24]. https://www.paper.edu.cn/releasepaper/content/200901-1138.

No.2831339629912327****

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论文编号	200901-1138
论文题目	丹参EST序列中SSR信息的分析及分子标记的建立
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