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论文编号 201512-942
论文题目 序列相似性对RNA结合蛋白预测的影响
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  • 原稿 ( 勘误表 )开放数据

    发布日期:2015-12-24
  • 序列相似性对RNA结合蛋白预测的影响11

    0、

    1     第15行    “The Influence of Sequence Identity to RNA-binding protein”改为“The influence of sequence identity on RNA-binding proteins”
    2     第20行    “protein”改为“proteins”
    3     第22行    “to”改为“on”
    4     第33行    “胚肾细胞”改为“胚胎肾细胞系”;“信使RNA”改为“mRNA”
    5     第35行    “信使RNA”改为“mRNA”     “245个是新的RBP”改为“315个是新的RNA结合蛋白”
    6     第64行     设置首行缩进2字符
    7     表1       “Sequence Identity cutoff”改为“Sequence identity cutoff”;“dataset”改为“Dataset”
    8     表2       “Sequence Identity cutoff”改为“Sequence identity cutoff”;“dataset”改为“Dataset”
    9     第95行    “假阳性:FN”改为“假阴性:FN”
    10    第106行    “在不同的”改为“在7个不同的”
    11    第121行    “建的”改为“建”;“选取”改为“选取了”

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序列相似性对RNA结合蛋白预测的影响

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张晓利

张晓利(1990-),女,博士生, protein-RNA interaction

刘士勇

刘士勇(1978-),男,副教授,主要从事功能蛋白质设计、蛋白质分子对接、蛋白质-蛋白质、蛋白质-RNA相互作用研究

发送私信

发送给刘士勇

华中科技大学物理学院,武汉,430074

摘要:结合RNA的蛋白质在多种细胞过程中起到重要作用,近些年一些预测RNA结合蛋白的计算方法应运而生。在预测方法中,正负样本的比例和序列相似性和都是众多方法中要考虑和权衡的。在这篇文章中,我们探讨了序列相似性在RNA结合蛋白预测的平衡数据集和非平衡数据集对预测准确性是否有影响。通过在序列相似性阈值分别为35%,30%,25%,20%,15%,10%和5%的平衡数据集和非平衡数据集的测试集上测试,我们的方法得到的ROC曲线下的面积值几乎不变。

关键词: 生物信息学 RNA结合蛋白质 序列相似性

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