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论文编号 201903-166
论文题目 两歧双歧杆菌比较基因组学和基因型-表型相关性研究
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两歧双歧杆菌比较基因组学和基因型-表型相关性研究

首发时间:2019-03-14

臧梦宁 1   

臧梦宁(1993-),女,食品生物技术

赵芳 1   

赵芳(1994-),女,食品生物技术

邓雅丹 1   

邓雅丹(1996-),女,食品生物技术

陆文伟 1    陈卫 1   

陈卫(1966-),男,教授、博导,食品生物技术

  • 1、江南大学食品学院,江苏无锡 214122

摘要:双歧杆菌是一种广泛存在于动物体内的肠道共生细菌。已有的研究表明两歧双歧杆菌对人体肠道微生物群落结构稳定具有显著作用,但目前对其基因组的研究有限。本研究比较分析了41株来自中国不同地区、年龄和民族的两歧双歧杆菌的基因组。基于核心基因簇和单核苷酸多态性(SNP)构建系统发育树,发现上述因素与两歧双歧杆菌的进化无显著相关性。而泛基因组分析显示两歧双歧杆菌类群中存在一个保守的泛基因组。进一步分析两歧双歧杆菌的株间特异性基因,发现部分菌株为了适应环境,进化获得了外源性的限制性修饰系统、碳水化合物利用等基因簇。相对于其他双歧杆菌,两歧双歧杆菌基因组存在一个保守的利用黏蛋白多糖的代谢通路,本文进一步通过碳水化合物利用实验证实两歧双歧杆菌对黏蛋白多糖的利用能力。

关键词: 两歧双歧杆菌 系统发育分析 泛基因组分析 宿主衍生糖原代谢

For information in English, please click here

Comparative genomics and genotype_phenotype associations in Bifidobacterium bifidum

ZANG Mengning 1   

臧梦宁(1993-),女,食品生物技术

ZHAO Fang 1   

赵芳(1994-),女,食品生物技术

DENG Yadan 1   

邓雅丹(1996-),女,食品生物技术

LU Wenwei 1    CHEN Wei 1   

陈卫(1966-),男,教授、博导,食品生物技术

  • 1、School of Food Science and Technology, Jiangnan University, Wuxi 214122

Abstract:Bifidobacteria are symbiotic intestinal bacteria found in a wide range of animal hosts. Previous studies have identified the significant contributions of B.bifidum species to the stability of overall microbiota in the intestinal tracts of human infants. However, few studies have explored the genome of Bifidobacterium bifidum. In this study, we analyzed the genomes of 41 B. bifidum strains isolated from different regions, ages and ethnic groups in China. The construction of an evolutionary tree of core gene clusters and single nucleotide polymorphisms revealed no significant correlations between these factors mentioned above, and the evolution of B.bifidum, suggesting a conserved pan-genome among species in this genus. The interspecific genes of B.bifidum were further analyzed, and it was found that in order to adapt to the environment, some strains of B.bifidum evolved exogenous restrictive modification systems, carbohydrate utilization and other gene clusters. Compared with other bifidobacteria, the genome of B.bifidum has a conservative metabolic pathway utilizing mucopolysaccharides. In this research, the carbohydrate utilization experiment further confirmed the ability of B.bifidum to utilize mucopolysaccharides.

Keywords: Bifidobacterium bifidum Phylogenetic analysis Pan-genome analysis Metabolism of host-derived glycogen

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臧梦宁,赵芳,邓雅丹,等. 两歧双歧杆菌比较基因组学和基因型-表型相关性研究[EB/OL]. 北京:中国科技论文在线 [2019-03-14]. http://www.paper.edu.cn/releasepaper/content/201903-166.

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