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2003-2018 全部
为您找到包含“Molecular Docking”的内容共35

张志生,庄树林

2013-01-17

体和BChE酶的相互作用模式相关。利用分子对接(Molecular docking)方法预测了pyraclofos对映异构体与BChE酶配体结合域(Ligand Binding Domain, LBD

高等学校博士学科点专项科研基金(No.20110101120075

浙江工业大学生物与环境工程学院,环境科学研究中心,杭州 310014,浙江大学环境与资源学院,环境科学研究所,杭州 310058

#环境科学技术#

本文收录在中国科技论文在线精品论文,2013,6(24):2329-2333.

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闫宁,梅虎

2011-05-06

对32个包含有benzophenone (BP)核心的化合物[42]和21个包含thiazolidenebenzenesulfonamide (TBS)核心的HIV-1逆转录酶抑制剂的活性进行了分子对接以及比较分子力场分析(CoMFA)、比较分子相似性指数分析(CoMSIA)和Topomer CoMFA研究。研究发现,共结晶体HBY的对接位置和其晶体结构位置之间的RMSD值为0.653 ?,小于1 ?。氢键、疏水作用是影响该类配体与K103N突变受体相互作用的主要因素。对接得分与化合物实验活性有着显著的相关性,其相关系数r=0.7576, P<0.0001。基于对接结果进行了QSAR(HQSAR, Topomer CoMFA, CoMFA和CoMSIA)研究,共得到了6个模型,其q2均大于0.5,而模型外部检验r2pred值均大于0.7,显示6个模型均具有良好的预测能力。由此建立的QSAR模型组对样本测试集活性的预测取得良好的结果。QSAR研究结果表明,氢键作用、立体场和疏水作用对活性的影响很大。

重庆市自然科学重点基金项目(CSTC

重庆大学生物工程学院,重庆大学生物工程学院,重庆,400044

#药学#

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Sun Suxia,Liang Jing,Wang Runling,Wang Shuqing,Cheng Xianchao,Dong Weili

recognition mechanism, the Autodock 4.0 was performed as automated molecular docking program to explore the

2012-04-25

This work was supported by Research Fund for the Doctoral Program of Higher Education (No. 20091202110010

School of Pharmacy, Tianjin Medical University, TianJin 300070,School of Pharmacy, Tianjin Medical University,Tianjin 300070, China,School of Pharmacy, Tianjin Medical University,Tianjin 300070, China,School of Pharmacy, Tianjin Medical University,Tianjin 300070, China,School of Pharmacy, Tianjin Medical University,Tianjin 300070, China,School of Pharmacy, Tianjin Medical University,Tianjin 300070, China

#Pharmacy#

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高常安,蔺远,傅建捷,张爱茜

2011-02-21

本文分别用基于受体结构的分子对接方法FlexX和AutoDocK模拟典型黄酮类化合物与雌激素受体Alpha亚型的结合作用。由于具有相似疏水特征,不同黄酮类化合物与雌激素受体的结合强度主要取决于其氢键结合,而非疏水或范德华作用。因此对氢键区分度较好的FlexX的模拟结合能与logRBA具有显著的相关性,但是基于拉马克遗传算法的AutoDock方法更易获得全局最优结合构象。

高等学校博士学科点专项科研基金资助课题(编号20070284021

国家高技术研究发展计划(863)项目(编号2010AA065105

国家自然科学基金( 2009AA06Z407和2007AA06Z416

南京大学环境学院,南京大学环境学院;环境化学与生态毒理学国家重点实验室,中国科学院生态环境研究中心,环境化学与生态毒理学国家重点实验室,中国科学院生态环境研究中心,南京大学环境学院;环境化学与生态毒理学国家重点实验室,中国科学院生态环境研究中心

#环境科学技术#

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蔡凯乐,张静,张舒怀,上官桂珍,崔滢,丁丽惠

2018-01-12

应用分子对接法研究了1-甲基芘(1-MPyr)及其含氧代谢物1-羟甲基芘(1-OHMP)和1-芘甲酸(1-PCA)与牛血清白蛋白(BSA)的相互作用。结果表明,三种小分子与BSA的亲和能力的强弱顺序为1-OHMP<1-MPyr<1-PCA;1-MPyr结合在BSA的IIA域和IIIA域之间,而1-OHMP和1-PCA均结合在BSA的IB域;结合位点周围与1-MPyr, 1-OHMP和1-PCA距离在0.4 nm之内的氨基酸残基数分别为13, 9和10;1-MPyr和1-OHMP与BSA无氢键形成,而1-PCA则与Pro113, Lys114,和Arg144残基分别形成了键长为3.3, 2.1和2.6 nm的氢键。本研究从分子层面预测了1-甲基芘及其含氧代谢物与BSA的作用强弱,并初步阐释了影响其结合作用的重要因素,为探究1-甲基芘在生物体内的代谢毒性提供了一定的理论支持。

福建省教育厅中青年教师教育科研项目基金(编号:JAT170841),厦门大学嘉庚学院大学生创新创业训练计划项目基

福建省教育厅中青年教师教育科研项目基金(JAT170841

厦门大学嘉庚学院大学生创新创业训练计划项目基金(201713469032

厦门大学嘉庚学院,漳州 363105;河口生态安全与环境健康福建省高校重点实验室,漳州 363105,厦门大学嘉庚学院,漳州 363105;河口生态安全与环境健康福建省高校重点实验室,漳州 363105,厦门大学嘉庚学院,漳州 363105;河口生态安全与环境健康福建省高校重点实验室,漳州 363105,厦门大学嘉庚学院,漳州 363105;河口生态安全与环境健康福建省高校重点实验室,漳州 363105,厦门大学嘉庚学院,漳州 363105;河口生态安全与环境健康福建省高校重点实验室,漳州 363105,厦门大学嘉庚学院,漳州 363105;河口生态安全与环境健康福建省高校重点实验室,漳州 363105

#环境科学技术#

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王琴,梅虎,孙家英,李建,闫宁

2010-05-19

对40个二芳基三嗪类HIV-1逆转录酶抑制剂进行了分子对接研究。结果表明2个疏水性芳香取代基团与结合口底部的疏水及范德华相互作用,三嗪环母核及其R4取代基与袋口氢键和静电作用, 以及R4取代基存在的空间位阻效应是影响该系列化合物活性的重要因素。根据对接优势构象进行分子叠合和CoMSIA研究, 建立了4个高预测能力的3-D构效关系模型, 其中以选用立体场、静电场和疏水场建立的CoMSIA模型最优, 其主成分, r2, q2(LOO)和r2pred分别为6, 0.971, 0.738和0.833。模型结果表明:对三个力场对活性贡献由大到小分别为疏水场、静电场和立体场。因此,该系列逆转录酶抑制剂的结构优化可从以下两个方面来考虑:1、改造R3取代基加大与活性口袋底部的空间契合及疏水性作用;2、增强R4取代基与袋口氨基酸残基的静电相互作用,同时兼顾分子的柔性,避免空间位阻效应。

教育部与国家外专局(CSTC

生物流变科学与技术教育部重点实验室,重庆大学,重庆大学生物工程学院 ,重庆大学生物工程学院,重庆大学生物工程学院 ,重庆大学生物工程学院

#药学#

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吴清华,蒋泉,胡静,钱思浓,冯小丽,宋鑫培,曾焕超

2014-10-30

采用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究了最新抑癌小分子RITA与ASK1蛋白的相互作用机制。先用分子对接程序将RITA对接到ASK1(4BF2)受体的各个活性口袋中;接着选用对接结果中的最优对接姿态进行分子动力学模拟,模拟过程中采用CHARMm力场的水溶剂化环境计算受体与RITA间的相互作用。分子对接结果表明在活性位点1和3的ASK1-RITA复合物的对接状态好,受体氨基酸残基与RITA间存在多个氢键和Pication键的连接;对比二者MD结果中RMDS、Potential Energy、Interaction Energy, VDW Interaction Energy, Electrostatic Interaction Energy值随时间变化曲线,揭示ASK1受体活性口袋3中形成的复合物分子动力学平衡好,反应能低,具有更好的亲和性。理论上推测,内源性刺激作用的小分子RITA 可能通过和ASK1激酶激活域中的氨基酸残基结合后,诱导ASK1受体构象改变,激活AKS1,引起一系列的信号传导,从而引发生理效应。

国家自然科学基金(批准号:81301911

高等学校博士点基金(批准号:20124433120024

南方医科大学公共卫生与热带医学学院P3实验室,广东,邮编510515,南方医科大学公共卫生与热带医学学院P3实验室,广东,邮编510515,南方医科大学公共卫生与热带医学学院P3实验室,广东,邮编510515,南方医科大学公共卫生与热带医学学院P3实验室,广东,邮编510515,南方医科大学公共卫生与热带医学学院P3实验室,广东,邮编510515,南方医科大学公共卫生与热带医学学院P3实验室,广东,邮编510515,南方医科大学公共卫生与热带医学学院P3实验室,广东,邮编510515

#基础医学#

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高常安,蔺远,孙玉贞,张爱茜

2011-02-21

本研究采用模拟退火和分子对接相结合的方法搜索两种天然雌激素17alpha-雌二醇和17beta-雌二醇与雌激素受体alpha亚型作用的生物活性构象,通过模拟退火跳出局域最优解,找到最接近真实状态的构象,同时基于分子对接分析不同构象与雌激素受体活性口袋的作用方式,确定生物活性构象。结果表明模拟退火搜索时能跨越雌二醇构象转化的较高能垒,从而确保在之后的对接研究中获得与已知雌二醇-雌激素受体复合物晶体更吻合的合理空间取向。生物活性构象中3-OH与Arg394、Leu387形成氢键网络,而17-OH则与His524的咪唑环形成氢键作用。

国家自然科学基金(编号20921063和20777035

高等学校博士学科点专项科研基金(编号20070284021

国家高技术研究发展计划(863)项目(编号2009AA06Z407和2007AA06Z416

南京大学环境学院,南京大学环境学院;环境化学与生态毒理学国家重点实验室,中国科学院生态环境研究中心,环境化学与生态毒理学国家重点实验室,中国科学院生态环境研究中心,南京大学环境学院;环境化学与生态毒理学国家重点实验室,中国科学院生态环境研究中心

#环境科学技术#

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郝佳

2015-05-25

过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARs)对糖代谢,脂代谢和血管炎症具有广泛的调节作用,是糖尿病药物开发的一个很有前途的研究靶点。本文在已知的PPARα/γ双重激动剂鹰嘴豆牙素A的化学结构基础上,构建其类似物的虚拟配体库,利用分子对接方法进行虚拟筛选,从中筛选出4个潜在的具有PPARs泛激动活性的化合物。

高等学校博士学科点专项科研基金新教师类(20121210120014

天津中医药大学中医药研究院

#中医学与中药学#

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王宝雷 ,马翼,陈沛全,李永红,李正名

2008-11-04

酮醇酸还原异构酶(KARI)是一个有前景的除草剂靶标酶,有关其抑制剂的设计研究鲜有报道。在文献报道的菠菜KARI酶复合物0.165 nm高分辨率晶体结构基础上,利用分子对接DOCK4.0方法进行MDL/ACD三维数据库搜寻,得到了279个与KARI酶结合能较低的小分子结构信息。在本文我们从中选取部分小分子化合物进行购买,进而测试了其水稻KARI酶离体活性和除草活性。结果表明,在设计购买的10个化合物中,化合物A8,A9和A10在200 µg/mL测试浓度下表现出较好的KARI酶抑制活性(90.9 ~ 95.3 %)。部分化合物对双子叶植物油菜和单子叶植物稗草具有较好的生长抑制活性。

高等学校博士学科点专项科研基金(20070055044

国家973计划项目(2003CB114406

天津市应用基础及前沿技术研究计划(08JCYBJC00800 and 07JCYBJC00200

南开大学元素有机化学研究所,元素有机化学国家重点实验室,南开大学元素有机化学研究所,元素有机化学国家重点实验室,南开大学元素有机化学研究所,元素有机化学国家重点实验室,南开大学元素有机化学研究所,元素有机化学国家重点实验室,南开大学元素有机化学研究所,元素有机化学国家重点实验室

#农学#

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