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学术评议

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2003-2020 全部
为您找到包含“RNA binding protein”的内容共10

张晓利,刘士勇

2015-12-17

结合RNA的蛋白质在多种细胞过程中起到重要作用,近些年一些预测RNA结合蛋白的计算方法应运而生。在预测方法中,正负样本的比例和序列相似性和都是众多方法中要考虑和权衡的。在这篇文章中,我们探讨了序列相似性在RNA结合蛋白预测的平衡数据集和非平衡数据集对预测准确性是否有影响。通过在序列相似性阈值分别为35%,30%,25%,20%,15%,10%和5%的平衡数据集和非平衡数据集的测试集上测试,我们的方法得到的ROC曲线下的面积值几乎不变。

国家自然科学基金(31100522

博士点基金(20110142120038

863计划(2012AA020402

华中科技大学物理学院,武汉,430074,华中科技大学物理学院,武汉,430074

#生物学#

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苏位君,李帅

2017-05-16

miRNA是一类具有重要调控功能的小分子非编码RNA,广泛参与发育、细胞增殖、凋亡、周期等多种重要生物学过程的调节。Dicer是miRNA加工成熟过程中重要的节点蛋白。双链RNA结合蛋白TRBP、PRKRA可与Dicer发生蛋白-蛋白相互作用。这种相互作用可以调节Dicer活性及其对pre-miRNA切割位点选择,从而对miRNA的表达及序列产生影响。本文对TRBP、PRKRA通过Dicer调控miRNA表达的机制作一综述。

高等学校博士点专项科研基金——新教师类(20131202120002

天津市应用基础与前沿技术研究计划——青年项目(15JCQNJC11700

南开大学医学院,天津医科大学肿瘤医院乳腺病理研究室,国家肿瘤临床医学研究中心,天津市

#生物学#

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WANG Xubo,JIANG Jiajun,ZHANG Quanqi

DAZL is an RNA-binding protein of DAZ family, playing key roles in reproduction of organisms. Here

2016-05-23

Doctoral Fund of Ministry of Education of China (No.20120132110010

College of Marine Life Science, Ocean University of China,College of Marine Life Science, Ocean University of China,College of Marine Life Science, Ocean University of China

#Biology#

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贾军祥,张风群,黄云仙,章小斌,吴怡,丁明,赵辅昆

2012-01-18

Vigilin 是一个RNA结合蛋白,由 14 个连续的RNA结合结构域--- KH 结构域组成。Vigilin 可以通过与 mRNA 3’UTR 结合调控 mRNA 的翻译。本文通过 EMSA 实验证明了 Vigilin 结合于 ER-beta 3’UTR 。双荧光素酶报告基因实验发现高表达 Vigilin 可以提高 ER-beta 的表达,利用用带荧光蛋白标签的融合蛋白进行的共定位实验发现 Vigilin 与去帽酶 Dcp1B 有共定位现象,而 Dcp1B 是 mRNA 降解过程中重要的一环,说明 Vigilin 与 mRNA 降解相关。

浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018

#生物学#

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WANG Zhonghui,LI Shujing,Qi Yao,LIU Xiaoyan,ZHAO Jingjing,HAN Yu,CHEN Xianhua,XU Ping

critical for regulation of cpg15 expression. In addition, HuD, a neural-specific RNA binding protein

2011-01-19

National Natural Science Foundation of China (No. 30971464

State Key Laboratory of Medical Neurobiology,Fudan University,State Key Laboratory of Medical Neurobiology,Fudan University,Shanghai 200032, China,State Key Laboratory of Medical Neurobiology,Fudan University,Shanghai 200032, China,State Key Laboratory of Medical Neurobiology,Fudan University,Shanghai 200032, China,State Key Laboratory of Medical Neurobiology,Fudan University,Shanghai 200032, China,State Key Laboratory of Medical Neurobiology,Fudan University,Shanghai 200032, China,State Key Laboratory of Medical Neurobiology,Fudan University,Shanghai 200032, China,State Key Laboratory of Medical Neurobiology,Fudan University,Shanghai 200032, China

#Biology#

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王大巾,张风群,吴仪,刘玮婧,管国波,戚玺君,赵辅昆,丁明

2010-12-27

)和透明质酸介导的迁移受体(Hyaluronan mediated motility receptor, RHAMM)。这些蛋白质多为RNA结合蛋白(RNA binding protein, RBP

浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018,浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018

#生物学#

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刘莉,陈剑清,吴杰,吴祥甫,张耀洲

2009-02-12

RNA监视,也称无意义密码子介导的mRNA的降解(nonsense mediated mRNA decay, NMD) 。Y14是一类在真核RNA监视中起主要作用的RNA结合蛋白。我们从家蚕蛹期cDNA文库中获得一条序列长度为501 bp的cDNA,其编码的166个氨基酸组成的蛋白质与已知的RNA结合蛋白Y14序列同源性较高,含有一个保守的RNA结合结构域,我们将它命名为家蚕类Y14基因BmY14。该蛋白质预测分子量为18.4 kDa。我们将其ORF序列克隆到原核表达载体中,构建重组质粒,经双酶切鉴定及序列测定正确后转化大肠杆菌BL21(DE3),用IPTG诱导成功表达该蛋白,并凭质谱鉴定确定表达蛋白为目的蛋白。表达的融合蛋白经亲和层析纯化后,免疫兔获得特异性强的多克隆抗体。利用该抗体以ELISA和Western blot检测家蚕七个发育阶段和五龄幼虫多种组织或器官中BmY14蛋白的表达和分布,发现该蛋白在四龄、五龄幼虫、蛹、蛾四个发育阶段均有表达,其中蛹中表达量最高;各个组织或器官中,气囊中表达量最高,其次是血液和生殖器。利用抗体的免疫荧光标记对家蚕Bm5细胞定位,观察到荧光集中分布在细胞核,证实BmY14主要存在核中,在家蚕变态发育过程中,特别在生殖器和气囊的成熟过程中可能起重要作用。

国家973计划课题(No.2005CB121006

国家863计划课题(No.2007AA021703

国家863计划课题(No.2007AA100504

浙江理工大学生命科学院,浙江理工大学生命科学院,浙江理工大学生命科学院,浙江理工大学生命科学院,浙江理工大学生命科学院

#生物学#

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周蕊,刘晓洁

2017-06-02

隐孢子虫感染是导致艾滋病人死亡的重要原因之一。人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)编码的Tat(Trans-activating)蛋白是一种重要调控蛋白,在病毒复制和感染致病中起重要作用。并且,Tat蛋白还可以释放到细胞外,影响未被HIV感染细胞的功能。细胞外释放的Tat作为一种多效性分子,可以诱导不同的靶细胞产生多种生物效应,在艾滋病发病机制中担任着重要的角色。并且有研究表明,Tat蛋白可以增强感染机会性致病病原体的机会。然而,Tat蛋白对微小隐孢子虫感染的影响及其分子机制目前尚不清晰。本论文的第二部分探讨Tat蛋白对微小隐孢子虫感染的影响。研究结果发现,使用含有HIV Tat的质粒转染细胞可以增强微小隐孢子虫的感染。并且发现在HIV Tat作用下微小隐孢子虫感染后抗病原生物相关因子iNOS的表达量下降。在对其分子机制的研究中,发现Tat蛋白通过调节miR-27b的表达,从而影响KH-型剪接调控蛋白(KH-type splicing regulatory protein,KSRP)的表达。KSRP作为一种RNA结合蛋白,可以与3'UTR区域中的ARE结构结合,调控iNOS mRNA的稳定性,从而影响上皮细胞抗病原生物防御机制,导致微小隐孢子虫感染加重。该分子机制的阐明也可以有助于解释艾滋病人更易感染其他机会性致病病原体这一普遍现象。

国家自然科学基金项目(No.31300744

湖北省高校省级教学改革研究项目(2016005

武汉大学及医学部教学改革研究项目(2016002

武汉大学基础医学院,武汉市,430000,武汉大学基础医学院,武汉市,430000

#基础医学#

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Zhu liyuan,Ruan Xiangbin,Wu Fan,Qi Yingjiao,Zhou junjie,Liu Wei,Li liang,Zhang jing,Yin Bin,Jiang Tao,Yuan Jiangang,Qiang Boqin,Han Wei,Peng Xiaozhong

Poly-pyrimidine tract binding protein (PTB, also known as PTBP1) is a kind of RNA-binding protein with various

2016-03-18

高等学校博士学科点专项科研基金新教师类资助课题(20131106120021

State Key Laboratory of Medical Molecular Biology, Department of Molecular Biology and Biochemistry, Institute of Basic Medical Sciences Chinese Academy of Medical Sciences, School of Basic Medicine Peking Union Medical College, Beijing 100005, China,State Key Laboratory of Medical Molecular Biology, Department of Molecular Biology and Biochemistry, Institute of Basic Medical Sciences Chinese Academy of Medical Sciences, School of Basic Medicine Peking Union Medical College, Beijing 100005, China,State Key Laboratory of Medical Molecular Biology, Department of Molecular Biology and Biochemistry, Institute of Basic Medical Sciences Chinese Academy of Medical Sciences, School of Basic Medicine Peking Union Medical College, Beijing 100005, China,State Key Laboratory of Medical Molecular Biology, Department of Molecular Biology and Biochemistry, Institute of Basic Medical Sciences Chinese Academy of Medical Sciences, School of Basic Medicine Peking Union Medical College, Beijing 100005, China,State Key Laboratory

#Basic Medicine#

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Mei Zhuzhong,Li Tao,Wang Ni,Chen Xinyu,Ou Xiaoli,Jiang Yong

IκBα, encoded by NFKBIA, is the prototype inhibitor of transcription factor NF-κB. Notably, the transcription of NFKBIA is directly regulated by NF-κB. In contrast, the contribution of post-transcriptional regulation in the expression of NFKBIA remains obscure. To elucidate the post-transcriptional regulation of NFKBIA, we first aligned the 3?-UTR from several different species (human, mouse, rat, dog and cow). The alignment results revealed that the 3?-UTR sequences were highly conserved among these analyzed species. Dual luciferase assay analysis showed that 3?-UTR of mouse NFKBIA downregulated the expression of associated luciferase gene. Heat shock treatment stabilized NFKBIA mRNA and promote the expression of luciferase gene associated with mouse NFKBIA 3?-UTR. Biotin-labeled RNA pulldown assay followed mass spectrometry analysis identified specific binding proteins to the 3?-UTR of mouse NFKBIA mRNA. Half of them were identified as ribosomal proteins of 40S and 60S ribosome subunits.

2014-01-15

国家自然科学基金 (81070955

教育部新教师基金项目(20104433120009

Key Laboratory of Functional Proteomics of Guangdong Province, Department of Pathophysiology, Southern Medical University, Southern Medical University,Guangzhou 510515,China,Key Laboratory of Functional Proteomics of Guangdong Province, Department of Pathophysiology, Southern Medical University, Southern Medical University,Guangzhou 510515,China,Key Laboratory of Functional Proteomics of Guangdong Province, Department of Pathophysiology, Southern Medical University, Southern Medical University,Guangzhou 510515,China,Key Laboratory of Functional Proteomics of Guangdong Province, Department of Pathophysiology, Southern Medical University, Southern Medical University,Guangzhou 510515,China,Key Laboratory of Functional Proteomics of Guangdong Province, Department of Pathophysiology, Southern Medical University, Southern Medical University,Guangzhou 510515,China,Key Laboratory of Functional Proteomics of Guangdong Province, Department of Pathophysiology, Southern Medical University, Southern Me

#Basic Medicine#

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