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为您找到包含“evolutionary conservation”的内容共3

张昀,李霞,徐良德,许艳,张云鹏,宫滨生

2010-03-04

MicroRNA作用位点预测是microRNA研究中十分重要的内容。目前大多数的microRNA作用位点预测方法主要基于“种子”序列互补和物种间的保守性来进行预测。而新近某些研究表明,某些背景因素,如:作用位点周围序列、mRNA自身折叠、作用位点在3’UTR区域上的位置以及同microRNA结合形成复合物的蛋白性质等都有可能对microRNA同作用位点的结合产生影响,而现有的预测方法很少考虑这类因素的影响。在本研究中,我们提出了一种基于机器学习算法的作用位点预测方法,该方法不仅考虑了多种背景因素的影响,而且由于在预测过程中不依赖于“种子”序列的互补性以及物种间的保守性,因而对于现有方法较难预测的3’端补充型作用位点和物种间不保守的作用位点也可以进行较好地预测。最后,我们系统地对各种影响结合的因素进行了研究,发现:除“种子”序列的结合之外,与“种子”序列相邻的一段结合区域的结合对结合的有效性也会产生影响;作用位点周围的AU、UA二联核苷酸对出现频率对结合的有效性会有影响;mRNA自身折叠对分子结合也会产生影响;有效结合位点往往分布在3’UTR区域前端。

教育部博士点基金(20060213024

国家自然科学基金(30571034,30570424

哈尔滨医科大学生物信息学科学与技术学院,①哈尔滨医科大学生物信息学科学与技术学院;②哈尔滨工业大学计算机学院,哈尔滨医科大学生物信息学科学与技术学院,黑龙江省生物医药重点实验室,哈尔滨医科大学生物信息学科学与技术学院,黑龙江省生物医药重点实验室,哈尔滨医科大学生物信息学科学与技术学院,黑龙江省生物医药重点实验室,哈尔滨医科大学生物信息学科学与技术学院,黑龙江省生物医药重点实验室

#生物学#

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Chai Baofeng,Hao Yanrong,Xu Lijun,Li Cui,Shen Quan

evolutionary conservation of class-specific residues and termination-related functional specificity, and was

2013-01-21

National Science Foundation of China (No.31172078; 30770294

Fund for the Doctoral Program of Higher Education of China(20111401110008

Institute of Biotechnology, Shanxi University, Taiyuan 030006,Institute of Biotechnology, Shanxi University, Taiyuan, 030006,Institute of Biotechnology, Shanxi University, Taiyuan, 030006,Faculty of Enviroment and Economics, Shanxi university of Financie and Economics, Taiyuan, 030006,Institute of Biotechnology, Shanxi University, Taiyuan, 030006

#Biology#

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任天雷,杨海泉,许菲

2018-03-22

甲基对硫磷水解酶作为环境友好绿色催化剂,可降解甲基对硫磷等在土壤中残留的有机磷农药,这使得如何提高甲基对硫磷水解酶的水解效率成为酶工程中备受关注的问题。基于分子结构与生物信息学等多维度特征,确定了催化活性中心周围的9个关键位点。构建了一个含1500个突变体的筛选文库,进行定向进化。经过两轮筛选,最终确定2株催化效率提高的突变体,L258V和L273M。其催化效率常数kcat/Km值分别为134.1 mM-1os-1和166.5 mM-1os-1,与野生酶相比较分别提高了27.3%和58.1%。这种通过半理性设计构建定向进化文库的方法,不仅有效的提高了甲基对硫磷水解酶的筛选效率,更为酶的改造提供了新的思路。

江南大学生物工程学院糖化学与生物技术教育部重点实验室,江苏无锡 214122,江南大学生物工程学院糖化学与生物技术教育部重点实验室,江苏无锡 214122,江南大学生物工程学院糖化学与生物技术教育部重点实验室,江苏无锡 214122

#生物学#

本文收录在生物技术通报,2018,34(10):1-9.

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