2016-08-03
【目的】抗菌肽是生物体产生的一类由特定基因编码的小分子多肽，是生物体免疫系统的重要组分。在转录组水平上对家蝇（Musca domestica）抗菌肽防御素基因家族的筛选及生物信息学分析，为进一步研究家蝇防御素在免疫系统中的功能奠定基础。【方法】基于转录组数据，通过生物信息学方法对家蝇防御素基因进行筛选和分析，系统进化和结构预测。【结果】在家蝇转录组中鉴定出5个防御素蛋白基因，其编码的蛋白质含有40-73个氨基酸，分子量约为4-7.82 kD，等电点为4.72-8.96，并预测了它们的二级和三级结构。【结论】研究分析表明，利用家蝇转录组数据筛选的防御素基因在序列和蛋白上较为保守，该研究结果为进一步阐明该家族的免疫功能提供了重要理论基础。
2016-08-03
【目的】Edin是一类可由细菌感染诱导产生的小分子多肽，是生物体免疫系统的重要组分。通过转录组水平上家蝇Musca domestica Edin基因家族的筛选及生物信息学分析，为进一步研究家蝇Edin在免疫系统中的功能奠定基础。【方法】基于转录组数据，通过生物信息学方法对家蝇Edin基因进行筛选，并进行系统进化和结构预测分析。【结果】在家蝇转录组中鉴定出10个Edin基因，生物信息学分析显示了Edin转录组基因在基因组中的位置、方向、是否含有Attacin结构域、理化性质、信号肽存在情况以及内含子、外显子分布等内容。并且将些基因与果蝇进行了比对，比较了它们之间的相似度。在通过与Attacin基因的所建的进化树表明Edin基因虽然包含Attacin结构域，但在进化关系上仍有明显的分隔。【结论】研究分析表明，利用家蝇转录组数据筛选的Edin基因在基因组上成簇分布，该研究结果为进一步研究该家族的功能提供了重要理论基础。
WANG Kai,HONG Wei,JIAO Hengwu,ZHAO Huabin
phylogenetic approaches, our transcriptome data confirmed the distinctiveness of Rhagophthalmidae from
2017-05-02
The Specialized Research Fund for the Doctoral Program of Higher Education （20130141110066）
the National Natural Science Foundation of China（91331115）
College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan 430072,College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan 430072,College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan 430072,College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan 430072
#Biology#
2013-10-18
目的 对前期慢性乙型肝炎脾胃湿热证转录组学研究结果进行的PCR验证。方法 前期转录组学研究发现慢性乙型肝炎脾胃湿热证的差异基因（差异倍数在2倍以上）有LOC440040、SYCP2L、MYH6、MDGA1、C17orf97、LIPC、ATOH8等，本研究借助荧光定量PCR技术对上述基因进行定量检测。结果 慢乙肝脾胃湿热证患者 C17orf97、LIPC、ATOH8的mRNA表达水平显著降低，差异有统计学意义（P＜0.05，P＜0.01），而慢乙肝脾胃湿热证患者LOC440040、MDGA1、SYCP2L、MYH6的mRNA表达水平显著升高，差异有统计学意义（P＜0.01）。结论 前期转录组学研究发现慢性乙型肝炎脾胃湿热证的差异基因（差异倍数在2倍以上）LOC440040、SYCP2L、MYH6、MDGA1、C17orf97、LIPC、ATOH8等，结果可靠，可以作为慢乙肝脾胃湿热证客观化的标志物之一。
成都中医药大学附属医院感染科,成都 610075,成都中医药大学临床医学院,成都 610072,简阳市中医院,内三科,简阳 641400,成都中医药大学临床医学院,成都 610072,成都中医药大学临床医学院,成都 610072
#中医学与中药学#
2021-04-07
【目的】本文旨在通过转录组分析，揭示纳豆芽孢杆菌突变体高产甲萘醌-7（MK-7）的分子机理。【方法】首先通过UV和ARTP复合诱变，获得一株MK-7高产菌株， 然后利用Illumina HiSeq 2000对诱变前后的菌株进行转录组测序，并使用Bowtie2 、RSEM、DESeq2等软件，结合GO和KEGG数据库对测序数据进行深入分析。最后，通过RT-qPCR对RNA-seq数据进行验证。【结果】获得一株MK-7产量较原始菌株提高了50.6%的突变菌株，进一步转录组分析结果表明：1）突变菌株与原始菌株相比共有1661个差异表达基因，其中上调819个，下调842个；2）在MK-7生物合成通路中甘油代谢途径和MEP途径中的一些关键基因，如glpA、dxs、ispF和ispH等显著上调；3）一些ABC转运蛋白和MFS转运蛋白基因，如msrA、bmr和bcr等以及Tat分泌途径中的基因tatA和tatC显著上调；4）大多数与孢子形成相关的基因显著下调。此外，RT-qPCR验证结果与转录组分析结果趋势一致。【结论】本研究不仅有助于我们深入了解纳豆芽孢杆菌中MK-7的合成调控机制，也为菌株的遗传改造提供了潜在的分子靶点。
School of Food Science and Technology, Jiangnan University，Wuxi 214122,School of Food Science and Technology, Jiangnan University，Wuxi 214122,School of Food Science and Technology, Jiangnan University，Wuxi 214122,School of Food Science and Technology, Jiangnan University，Wuxi 214122
#食品科学技术#
2016-05-17
梅花（Prunus mume）蔷薇科李属植物，是一种非常理想的木本观赏植物。本研究采用Illumina HiSeqＴＭ 2000 测序平台对梅花品种"三轮玉蝶"无香花蕾及盛开状态的花朵进行比较转录组测序，并对香气产生时期基因表达变化进行了分析，从而挖掘梅花花香形成的代谢过程与核心调控基因。测序结果共得到4.48G数据，分别有76.81%与61.43%的基因成功比对至已有基因组上。我们发现了花朵发育过成的两个时期中的差异基因共6954个（其中上调基因2156个，下调基因4798个）。对差异基因的GO注释，发现存在差异的基因功能集中于次级代谢、细胞组成等方面，而KEGG通路的注释表明苯丙烷/苯环类物质及次级代谢物质合成代谢通路基因有显著富集，在调控梅花花香物质合成过程中居主导地位。转录组中共鉴定出524个差异表达的转录因子。本研究通过转录组学技术初步分析了梅花花芽产生香气前后基因变化网络，为后期梅花花香调控基因探究、探索梅花花香形成机理及李属其他物种的香花育种提供可靠的理论依据。
高等学校博士学科点专项科研基金新教师类资助课题（20120014120025）
北京林业大学园林学院，北京 100083,北京林业大学园林学院，北京 100083,北京林业大学园林学院，北京 100083
#林学#
陈华枝,范小雪,范元婵,王杰,蒋海宾,杜宇,熊翠玲,祝智威,郑燕珍,付中民,陈大福,郭睿
2020-04-29
基于已获得的全长转录组数据对东方蜜蜂微孢子虫（Nosema ceranae）基因的可变剪接（alternative splicing, AS）和可变多聚腺苷酸化（alternative polyadenylation, APA）进行分析。通过Astalavista软件鉴定东方蜜蜂微孢子虫基因的AS类型。采用TAPIS pipeline对东方蜜蜂微孢子虫基因的APA进行鉴定。利用MEME软件分析所有全长转录本的poly (A)剪接位点上游50 bp的序列特征并鉴定motif。共鉴定到发生于5个基因的5次AS事件，包括1个可变供体位点（alternative donor site, ADS）和4个内含子保留（intron retention, IR）。鉴定到233个基因发生APA，其中含有1个poly (A)剪接位点的基因数量最多（143, 61.37%）。序列特征分析结果显示，东方蜜蜂微孢子虫全长转录本的3\' UTR的上下游表现出明显的碱基倾向性，U在3\' UTR的上游富集，而A在3\' UTR的下游富集。此外，在东方蜜蜂微孢子虫全长转录本的poly (A)剪接位点上游鉴定到3个motif（AAUAAA、UGAUGC和GCGACG）。研究结果揭示了东方蜜蜂微孢子虫转录组的复杂性，为完善现有的东方蜜蜂微孢子虫基因组和转录组注释提供了有益信息，也为深入探究AS和APA在东方蜜蜂微孢子虫的基因表达调控中的作用提供了基础。
国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-44-KXJ7)、福建省自然科学基金项）
College of Animal Sciences (College of Bee Science), Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,College of Animal Sciences (College of Bee Science), Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,College of Animal Sciences (College of Bee Science), Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,College of Animal Sciences (College of Bee Science), Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,College of Animal Sciences (College of Bee Science), Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,College of Animal Sciences (College of Bee Science), Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,College of Animal Sciences (College of Bee Science), Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,College of Animal Sciences (College of Bee Science), Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,College of Animal Sciences (College of Bee Science), Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002,College of Animal Science
2015-07-10
应用新一代高通量测序平台Illumina HiSeqTM2500, 对'紫鹃'茶进行转录组测序和数据denovo组装，并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。 结果显示，总共得到107,984条Transcripts和34,685条Unigenes。筛选出2,250个差异基因，其中上调表达1,270个，下调表达980个。通过对数据的生物信息学分析，筛选到27个差异基因与茶叶紫化过程相关的关键基因，其中10个基因直接参与了花青素合成，13个基因参与碳水化合物代谢，1个基因参与花青素的转运和3个基因参与油菜素类脂代谢过程。本研究揭示了茶树紫化过程中花青素代谢的调控特征。
福建农林大学生命科学学院，福建 福州 350002,福建农林大学生命科学学院，福建 福州 350002,福建农林大学生命科学学院，福建 福州 350002,福建农林大学生命科学学院，福建 福州 350002,福建农林大学林学院，福建 福州 350002,福建农林大学安溪茶学院，福建 福州 350002,福建农林大学生命科学学院，福建 福州 350002
#生物学#
available in public databases. The transcriptome of a highly salt tolerant mangrove species, Sonneratia alba
2012-03-26
National Basic Research Program of China（2007CB815701）
the Doctoral Foundation of Ministry of Education of China（200805581042）
National Natural Science Foundation of China （30730008）
National S&T Major Project of China （ 30800060）
the Fundamental Research Funds for the Central Universities（ 40876075）
State Key Laboratory of Biocontrol and Key Laboratory of Gene Engineering of the Ministry of Education, Sun Yat-Sen University, GuangZhou 510275,School of Life Sciences, Sun Yat-sen University
#Biology#
LI Peng,JIN Fangcao,ZHOU Kaiya
mechanisms responsible for the brachyurization development in brachyuran decapods. Transcriptome and
2013-07-25
Foundations: National Natural Science Foundation of China （31000954）
Research Fund for the Doctoral Program of Higher Education of China （No. 20103207120007）
Jiangsu Key Laboratory for Biodiversity and Biotechnology, College of Life Sciences, Nanjing Normal University, Nanjing 210023,Jiangsu Key Laboratory for Biodiversity and Biotechnology, College of Life Sciences, Nanjing Normal University, Nanjing 210023, China,Jiangsu Key Laboratory for Biodiversity and Biotechnology, College of Life Sciences, Nanjing Normal University, Nanjing 210023, China
#Biology#
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