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郭睿
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期刊论文
蜜蜂球囊菌基因结构优化及新基因鉴定
中国农业大学学报，2019，24（1）：61-68 | 2019年01月15日
蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis特异性侵染蜜蜂幼虫而导致白垩病。本研究利用RNA-seq技术对球囊菌菌丝和孢子进行深度测序，基于高质量的转录组数据对已注释基因进行结构优化，对未注释基因进行预测、鉴定和分析。本研究通过将测序得到的clean reads比对参考基因组和转录本重构，共对101个已注释基因的5'端或3'端进行了延长；利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对，共鉴定出373个新基因，随机挑选10个新基因进行RT-PCR验证，8个能扩增出符合预期的目的片段，表明预测出的多数新基因真实存在。进一步分析结果显示有147个球囊菌新基因可注释到Nr和eggNOG数据库中；85个新基因富集在29个GO条目；66个新基因富集在33条代谢通路；上述结果表明本研究预测出的新基因可能在球囊菌的新陈代谢和细胞生命活动中发挥重要作用。研究结果为球囊菌的基因结构和功能注释信息提供了有益补充，也为新基因的功能研究打下了初步基础。
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