东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae是专性寄生蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌，对意大利蜜蜂(意蜂)具有较强的侵染性。本研究利用 ＲNA-seq 技术对正常 10 d ( Apis mellifera ligustica control group，AmCK)和N. ceranae胁迫10 d的意蜂工蜂中肠(Apis mellifera ligustica treatment group，AmT)进行测序，共得到160 847 237 100 条原始读段， 过滤后得到 1 066 955 298 条有效读段。主成分分析结果显示 AmCK 与 AmT 测序样品的组内重复性较好， 组间的基因表达模式差异明显。GO 分类结果显示， AmCK与AmT的前100 位高表达基因( HEGs)分别分布于32和33个GO terms， 基因富集数最多的均为代谢进程。KEGG 代谢通路(pathway)富集分析结果显示，AmCK的前100位HEGs富集在21个pathways，基因富集数最多的是内吞作用、信号通路和嘌呤代谢; AmT的前100 位 HEGs 富集在26个pathways，基因富集数最多的是内吞作用、ＲNA 转运和蛋白质的内质网加工。前100位HEGs的Venn分析结果显示AmCK与AmT的共有HEGs为87个，特有HEGs分别均为13个。研究结果揭示了N. ceranae胁迫意蜂工蜂中肠过程中的基因表达谱信息，也为解析N. ceranae致病的分子机理提供了有益信息和线索。