【目的】本研究利用RNA-seq技术对球囊菌胁迫的中华蜜蜂（中蜂）幼虫肠道进行深度测序，经趋势分析得到差异表达基因（DEG）的显著表达模式，进而对胁迫过程中的球囊菌进行转录组学分析。【方法】利用Illumina HiSeq 2500平台对球囊菌胁迫的中蜂幼虫肠道进行深度测序，将有效读段（clean reads）先映射定位（mapping）核糖体数据库，再mapping中蜂幼虫肠道参考转录组，过滤后的clean reads 进而mapping球囊菌参考转录组。利用STEM软件对胁迫过程中球囊菌的基因表达模式进行趋势分析。利用WEGO软件对显著表达模式中的DEGs进行GO富集分析。利用Blastall对显著表达模式中的DEGs进行KEGG代谢通路（pathway）富集分析。最后，通过RT-qPCR对RNA-seq数据进行验证。【结果】本研究中，经过滤得到球囊菌的41133932条高质量clean reads。22865个DEGs共聚类为8个基因表达模式，其中，16769个DEGs聚类为2个显著上调趋势与2个显著下调趋势。GO富集分析结果表明，显著上调与显著下调趋势中的DEGs富集于40与37个GO term，基因富集数最多的为细胞进程（cellular process）（2486 unigenes）和细胞（cell）（708 unigenes）。KEGG pathway富集分析显示显著上调与显著下调趋势中的DEGs富集在119和112个pathway上，基因富集数量最多的是氨基酸生物合成（biosynthesis of amino acids）（127 unigenes）与核糖体（ribosome）（98 unigenes）。进一步分析表明球囊菌在胁迫中蜂幼虫肠道的过程中通过提高物质合成促进其增殖，而宿主通过抑制球囊菌的蛋白合成抵御病原入侵。共有11个DEGs富集在MAPK信号通路，它们的表达水平随着胁迫时间的延长而逐渐下降，推测中蜂幼虫通过抑制该通路而阻遏球囊菌增殖。RT-qPCR结果显示6个DEGs的表达水平变化趋势与RNA-seq数据一致，证明了本研究中转录组数据的可靠性。【结论】本研究不仅为揭示白垩病过程中的球囊菌-中蜂幼虫互作提供了重要信息，也为阐明不同抗性蜂种的球囊菌抗性差异奠定了基础。