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郭睿
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期刊论文
蜜蜂球囊菌的参考转录组de novo组装及SSR分子标记开发
昆虫学报，2017，60（1）：34-44 | 2017年01月20日
【目的】通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序，de novo组装球囊菌的参考转录组，并对其进行功能与代谢通路注释，进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记。【方法】首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子，配制含1×107孢子/mL的饲料饲喂4, 5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫，通过Illumina HiSeqTM 2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序，原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes，进而通过BLASTX比对NCBI Nr, Swiss-Prot, KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索，并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物，通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增。【结果】本研究共获得146 135 308条高质量reads，de novo组装得到42 609个unigenes。BLASTX比对结果显示，29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释。注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多，达6 050个。KEGG注释结果显示，unigenes可注释到117个代谢通路，其中富集在核糖体（ribosome）上的unigenes数量最多（529）。所有unigenes中共预测到7 968个SSRs，通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记。【结论】本研究成功组装球囊菌的参考转录组，并进行了功能与代谢通路注释，可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息。基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究。
【免责声明】以下全部内容由[郭睿]上传于[2020年05月06日 20时26分42秒]，版权归原创者所有。本文仅代表作者本人观点，与本网站无关。本网站对文中陈述、观点判断保持中立，不对所包含内容的准确性、可靠性或完整性提供任何明示或暗示的保证。请读者仅作参考，并请自行承担全部责任。
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