【目的】本研究旨在通过趋势分析对胁迫意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica（简称意蜂）幼虫肠道的球囊菌Ascosphaera apis的差异表达基因（DEGs）进行转录组分析。【方法】将纯化的球囊菌孢子配制为1×107孢子/mL的饲料饲喂意蜂3日龄幼虫，利用Illumina HiSeq 2500平台对球囊菌胁迫的意蜂幼虫肠道cDNA进行测序，将过滤得到的有效读段（clean reads）映射（mapping）到核糖体数据库及mapping意蜂参考基因组，最后mapping到本课题组组装并注释的球囊菌参考转录组。利用STEM软件对DEGs进行趋势分析。利用WEGO软件对显著表达模式中的DEGs进行GO富集分析。利用Blastall对显著表达模式中的DEGs进行KEGG代谢通路富集分析。最后，通过对随机选取6个DEGsd的RT-qPCR分析对RNA-seq数据进行验证。【结果】球囊菌胁迫意蜂幼虫肠道样品的Illumina测序共得到球囊菌的25 454 076条原始读段（raw reads），经过滤得到24 909 820条clean reads，Q30均在93.46%以上。趋势分析结果显示，19 893个DEGs聚类为8个表达模式，其中有12 151个DEGs聚类为3个表现为显著上调趋势的表达模式。GO富集分析结果显示，表现上调趋势的DEGs富集在40个GO term，富集基因数最多的为细胞进程（cellular process）（2 601 unigenes），其次为代谢进程（metabolic process）（2 553 unigenes）和细胞（cell）（2 522 unigenes）。KEGG代谢通路富集分析结果显示，上调趋势中的DEGs富集在119个代谢通路上，其中富集基因数最多的是核糖体（ribosome）（213 unigenes），其次为氨基酸生物合成（biosynthesis of amino acids）（154 unigenes）和内质网蛋白加工（protein processing in endoplasmic reticulum）（130 unigenes）。共有48个DEGs富集在MAPK信号通路上，聚类分析结果显示，这些DEGs随着胁迫时间的延长表达水平逐渐增强。RT-qPCR结果显示，6个DEGs的表达水平变化趋势与RNA-seq数据一致，证明了本研究中的转录组数据真实可靠。【结论】本研究为在分子水平揭示球囊菌的致病机理提供了重要信息，也为阐释球囊菌胁迫意蜂幼虫过程中的病原-宿主互作机制奠定了基础。