【目的】长链非编码RNA（lncRNA）在真核生物的基因表达、表观遗传和细胞周期调控等方面发挥重要功能。本研究旨在探究意大利蜜蜂（Apis mellifera ligustica, 简称意蜂）工蜂肠道发育过程中lncRNAs的表达谱及其作用。【方法 】本研究利用RNA-seq技术和链特异性建库方法对意蜂7 d和10 d工蜂肠道（Am7, Am10）进行深度测序，下机的原始数据经过Perl脚本过滤得到高质量有效读段。利用bowtie工具将有效读段比对核糖体数据库，进一步利用TopHat2软件将未比对到核糖体数据库上的数据比对到参考基因组。利用CPC和CNCI软件对转录本的编码能力进行预测。通过RT-PCR对部分lncRNAs进行鉴定。利用edgeR软件进行差异表达lncRNAs（DElncRNAs）分析，进而预测lncRNAs的上下游基因，并对上下游基因进行GO及KEGG代谢通路富集分析。联用RNAhybrid、Miranda和TargetScan软件预测DElncRNAs靶向结合的miRNAs及miRNAs靶向结合的靶基因，并通过Cytoscape软件构建DElncRNAs-miRNAs-mRNAs的调控网络。最后，通过RT-qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】Am7和Am10的深度测序分别获得147 051 470和134 802 058条原始读段，经严格过滤分别得到160 844 082和160 537 248条有效读段；共得到3 890个DElncRNAs，包括2 005个上调lncRNAs与1 885个下调lncRNAs。RT-PCR验证结果显示共有8个lncRNAs能扩增出符合预期的目的片段，表明预测出的lncRNAs真实存在。DElncRNAs的上下游基因数为1 793个，它们涉及42个GO条目，包括代谢进程、发育进程、细胞进程、应激反应和免疫系统进程等；这些上下游基因还涉及251条代谢通路，包括碳代谢、嘌呤代谢和脂肪酸的生物合成等物质代谢通路，硫代谢、甲烷代谢和氧化磷酸化等能量代谢通路， Hippo信号通路、Wnt信号通路和Notch信号通路等信号通路，溶酶体、内吞作用和泛素介导的蛋白水解等细胞免疫通路，以及MAPK信号通路、Jak-STAT信号通路和NF-kappa B信号通路等体液免疫通路，上述结果表明DElncRNAs 在意蜂肠道发育过程中参与物质和能量代谢、细胞生命活动和免疫调控。进一步分析发现TCONS_00020918可通过调控西方蜜蜂王浆主蛋白1编码基因在意蜂工蜂中肠的营养吸收、级型分化中发挥调控功能。DElncRNAs的调控网络分析结果显示DElncRNAs与miRNAs、mRNAs间存在复杂的调控关系，部分DElncRNAs处于调控网络的中心位置且能靶向结合较多的miRNAs，也有部分miRNAs可被多个DElncRNAs共同靶向，表明这些DElncRNAs可能在肠道发育中发挥重要作用。随机挑取5个DElncRNAs进行RT-qPCR验证，结果显示它们的表达量变化趋势与测序结果一致，证实了本研究测序数据的可靠性。【结论 】率先对意蜂工蜂肠道发育过程中的lncRNAs及其功能进行深入分析，研究结果提供了意蜂工蜂肠道发育过程中的DElncRNA信息，揭示了DElncRNAs广泛参与意蜂工蜂肠道的新陈代谢、细胞活动和免疫调控以及作为竞争性内源RNA（ceRNA）发挥作用，也为关键lncRNA的筛选和功能研究提供了必要的数据支持。