【目的】本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序，对球囊菌的microRNAs(miRNAs)进行预测、鉴定和分析，进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【方法】利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序，通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析，通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定，利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【结果】本研究共获得48268696条clean reads，预测出118个球囊菌的miRNAs，它们的长度分布介于18–25 nt之间，不同长度的miRNA的首位碱基偏好性差异明显。Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段，说明多数miRNAs可能真实存在。共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因，其中的5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库。进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路。Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络，绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs。【结论】本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析，研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识，为其基础生物学信息提供了有益补充，也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础。