由于中医学现代研究大多移植西医学的研究方法和思路，缺少适合中医学科特点的科学方法，所以.现代中医研究的难点和关键是建立科学的、原创的、适合中医学科特点的研究方法。复杂性科学被誉为21世纪的科学，这种注重事物的复杂性、整体性和非线性的科学研究方法，对中医研究方法论的建立提供了全新的视角。复杂适应性系统理论对中医研究提供7可借鉴的方法，首先，CAS关于“涌现”的理论恰恰提供了研究中医学整体观的还原论与整体论辨证统一的研究方法。这种研究方法可以填平宏观与微观的技术鸿沟，解决西医学手段研究中医所面临的数据说明与处理的问题，使研究中医学整体观的科学方法成为可能；其次，可以解决中医的非线性问题，对于中医学中具有非线性特点的描述性资料，可直接利用计算机模型对其进行资料处理。克服中医逻辑思维的随意性所导致的理论结论不确定性和臆测性。第三，可以提供一种有别于动物实验研究和临床研究的计算机模型方法研究中医内容。