杨光
研究方向与主要科研成果:主要从事动物遗传资源的保护和管理、分子进化生物学与分子生态学、濒危动物生态学与保护生物学等研究。
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- 姓名:杨光
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- 担任导师情况:
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学术头衔:
博士生导师, 教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者
- 职称:-
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学科领域:
动物学
- 研究兴趣:研究方向与主要科研成果:主要从事动物遗传资源的保护和管理、分子进化生物学与分子生态学、濒危动物生态学与保护生物学等研究。
杨光,男,1968年8月出生,四川省芦山县人。现为南京师范大学生命科学学院特聘教授、博士、博士生导师。动物学国家重点学科首席学科带头人、江苏省生物多样性与生物技术重点实验室主任、国家“211”三期重点学科建设项目“动物多样性与功能基因研究”总负责人、动物遗传资源研究所所长。入选教育部新世纪优秀人才支持计划(2007年)、江苏省“青蓝工程”新世纪中青年学术带头人(2002年)、南京师范大学跨世纪学术带头人(2000年)等。获霍英东教育基金会高等院校青年教师奖(研究类)(2004)、中国动物学会首届青年科技奖(2006)、教育部科技进步三等奖(1999)、四川省教委科技进步一等奖(1998)、中国动物学会青年优秀论文报告奖(1999)等奖励。主持的动物学课程被评为江苏省一类优秀课程(2004)和江苏省精品课程(2005)。兼任中国动物学会理事、江苏省动物学会理事长、中国动物学会生物进化理论专业委员会委员、中国生态学会动物生态专业委员会委员、中国环境科学学会生态与自然保护分会理事、中国兽类学会理事、中国科学院动物生态与保护生物学重点实验室学术委员会委员、江苏省滩涂生物资源与环境保护重点建设实验室学术委员会委员,《动物学报》、《兽类学报》、《动物学杂志》、《动物学研究》等编委,国家自然科学基金项目的评审专家,《Molecular Ecology》、《Journal of Heredity》、《Animal Genetics》、《Biological Journal of the Linnean Society》、《Medical Science Monitor》、中国科学、科学通报、动物学报、生态学报、动物分类学报等多个国内外权威核心期刊的审稿人。
个人简历:1986-1993年在四川师范学院攻读学士和硕士学位,1993-1996年在南京师范大学生命科学学院攻读动物学博士学位。1996年毕业后留校工作至今。1999年破格晋升副研究员,2003年破格晋升教授,2007年被聘为特聘教授。先后多次赴日本、美国、英国、法国和香港等国家或地区访问研究研究或参加国际学术会议。2004-2005年受皇家学会资助赴英国CARDIFF大学访问研究。
研究方向与主要科研成果:主要从事动物遗传资源的保护和管理、分子进化生物学与分子生态学、濒危动物生态学与保护生物学等研究。先后主持国家自然科学基金重点项目1个、重点项目子课题1个、面上项目5个、教育部新世纪优秀人才支持计划1个、其它部省级、横向和国际交流与合作项目10多项。共发表论文约90篇,其中在Conservation Biology、Molecular Phylogenetics and Evolution、Immunogenetics、Biological Journal of the Linnean Society等SCI刊物的23篇。
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【期刊论文】PATTERN OF GENETIC VARIATION OF BOTTLENOSE DOLPHINS IN CHINESE WATERS
杨光, Guang Yang, Guoqing Ji, Wenhua Ren, Kaiya Zhou
THE RAFFLES BULLETIN OF ZOOLOGY 2005 53 (1): 157-164,-0001,():
-1年11月30日
Although two species of bottlenose dolphins (Tursiops spp.) in Chinese waters have been recognized, their pattern of genetic variation is unclear at present. In the present study, 424-bp of the mitochondrial control region from 30 bottlenose dolphins collected in Chinese waters were sequenced. Fortyseven variable sites were identified from these sequences, and 9 and 11 haplotypes were defined respectively for truncatus-and aduncus-type, two morphotypes previously recognized for bottlenose dolphins in Chinese waters. These haplotypes were combined with published mitochondrial control region sequences of other bottlenose dolphins from Chinese, Indonesian, Australian, and Atlantic waters etc. Sequence variability comparison and phylogenetic reconstruction using neighbor joining (NJ) and maximum likelihood (ML) algorithms exclusively supported the separation of haplotypes into two monophyletic clades, each of which corresponds to truncatus-and aduncus-type. This provided strong support to separate the two morphotypes into respective species, T. truncatus and T. aduncus. No shared haplotype was found between Tursiops species, and four fixed diagnostic site differences between them were identified. All samples from the northern part of Chinese waters, i. e. the Yellow Sea and the northern East China Sea, were genetically identified as T. truncatus exclusively, whereas most samples from the southern part of Chinese Waters, i.e. the southern part of the East China Sea, the Taiwan Straits, the South Chinese Sea, and the Gulf of Beibuwan, were identified as T. aduncus, but with both species overlapping in the Taiwan Strait. This genetic pattern was congruent with the distribution pattern of Tursiops as previously revealed by morphological and ecological evidences. Although the distribution of the two species overlapped in the Taiwan Strait (and maybe adjacent waters), there was no evidence of genetic interchange between them, indicating reproductive isolation. The present study strongly argues for treating the two bottlenose dolphin morphotypes/species as separate management units in making up conservation measures, but further study on the intraspecific structure using multiple molecular marker is also urgent for effective conservation.
Bottlenose dolphin,, Tursiops,, Chinese waters,, mitochondrial control region,, variability,, conservation.,
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【期刊论文】Molecular systematics of the Asian mitten crabs, genus Eriocheir (Crustacea: Brachyura)
杨光, Boping Tang, a, ; Kaiya Zhou, *; Daxiang Song, a; Guang Yang, a and Aiyun Dai b
Molecular Phylogenetics and Evolution 29(2003)309-316,-0001,():
-1年11月30日
To help resolve phylogenetic relationships among the mitten crabs, complete sequences of the nuclear DNA internal transcribed spacer (ITS) and portions of the mitochondrial genome corresponding to the cytochrome oxidase I (COI), were sequenced for all Asian mitten crabs of the genus Eriocheir and seven species of the Grapsoidea. The resulting phylogeny supports the establishment of a separate genus Neoeriocheir, but does not provide justification for the recognition of Platyeriocheir. A female mitten crab specimen from the Zhujiang River, China, was considered to be Eriocheir recta (Stimpson, 1858), a species previously synonymized with Eriocheir japonica (de Haan, 1835). In the ITS analysis, a sequence from Eriocheir formosa (from Taiwan) falls within a wellsupported E. recta group, which indicates that E. formosa may have to be synonymized with E. recta. Three previously recognized members of the genus, E. japonica, Eriocheir sinensis, and Eriocheir hepuensis constitute a monophyletic sister group to E. recta in all phylogenetic trees. We provide evidence for the conspecific status of these taxa. Phylogenetic trees based on COI and combined COI and ITS sequences indicate that E. japonica consists of three subgroups. Since the name E. japonica (de Haan, 1835) takes precedence over E. sinensis (H. Milne Edwards, 1853) and E. hepuensis Dai, 1991, we suggest that these three subgroups correspond to three subspecies of E. japonica: E. j. japonica, E. j. sinensis, and E. j. hepuensis.
Mitten crabs, Systematics, rDNA ITS, mtDNA COI
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杨光, Ryan W. Norris, a, ; Kaiya Zhou, b, ; Caiquan Zhou, b; Guang Yang, b; C. William Kilpatrick, a; and Rodney L. Honeycutt c
Molecular Phylogenetics and Evolution 31(2004)972-978,-0001,():
-1年11月30日
Recent molecular studies have concluded that the genus Myospalax evolved from within the rodent subfamily Cricetinae. This conclusion was tested using the complete sequences from the mitochondrial 12S rRNA and cytochrome b genes. Based on our analyses, Myospalax appears to be sister to a clade containing the subfamilies Spalacinae and Rhizomyinae, and all three of these lineages appear to be basal to the superfamily Muroidea. Based on the position of these three lineages, we suggest that they be placed in a distinct family, the Spalacidae, rather than subsumed as subfamilies in the family Muridae. Finally, our analyses suggest that the earlier placement of Myospalax as a member of the Cricetinae is the result of a single misidentified specimen, which was not a Myospalax.
Myospalacinae, Muroidea, Muridae, Spalacidae, 12S rRNA, Cytochrome b
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杨光, 杨 光, 季国庆, 魏辅文
动物分类学报,2003,28(3):367~373,-0001,():
-1年11月30日
综述了近年来分子生物学标记技术在鲸类系统学研究中的进展。分子生物学证据支持鲸目与有蹄类之间有较近的亲缘关系,并支持鲸类的单系起源,但鲸类不同类群(须鲸类、抹香鲸类及不包括抹香鲸类的齿鲸类)之间的系统发生关系仍存在争议。抹香鲸类到底与须鲸类还是与其它齿鲸类有更近的亲缘关系,不同的分子生物学家所得到的结果并不一致。此外,分子生物学技术还被用于解决须鲸亚目和齿鲸亚目内科间以及科内种间的系统发生关系,特别是齿鲸亚目的海豚科、鼠豚科和淡水豚类。通过分子标记技术来研究鲸类种下的遗传结构是鲸类分子系统学研究中的一个新热点,使用的标记主要是mtDNA控制区、核DNA微卫星和主要组织相容性复合体(major histo. compatibility complex, MHC)等。
鲸类, 分子系统学
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【期刊论文】鲸类C-mos基因的序列变异性及在系统发生分析中应用的初步研究
杨光, 季国庆, 周开亚, 魏辅文
兽类学报,2003,23(4):277~282,-0001,():
-1年11月30日
通过猪等的C-mos基因保守区序列设计了用于扩增鲸类c-mos基因的引物。应用此引物扩增并测定了齿鲸类5个科12个种546 bp的c-mos基因编码区序列。结果表明鲸类的c-mos基因遗传变异水平较低。在系统发生重建中,同科的物种聚为单系,但不能很好地解决科下亚科间的关系,提示c-mos,基因仅适于鲸类科级以上阶元的系统发生研究。
鲸类, C-mos基因, 变异, 系统发生
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【期刊论文】白鱀豚MHC基因类DQBl座位第二外元的序列变异分析
杨光, 严洁①, 杨光①, 周开亚①, 魏辅文②
动物学报,2003,49(1):501~507,-0001,():
-1年11月30日
测定了45个克隆的白紧豚(Lipotes zexilifer)MHCⅡ类基因DQB座位第二外元172bp的核苷酸序列,共获得15种序列,发现了22个变异位点。核苷酸的非同义替换明显多于同义替换,并造成了15个氨基酸的改变。氨基酸的替换趋于集中在假定的与抗原的选择性识别相关的位点附近。白鱀豚DQB基因的核苷酸和氨基酸序列与文献报道的白鲸(Delphinapterus leutcas)和一角鲸(Moncdon monoceroS)DQBl序列具有较高的同源性。氨基酸序列不具备人及其它一些灵长类动物DQB2基因所共有的基序(Motif),而与牛DQBl基因的基序相近,说明本研究得到的白紧豚MHC序列应属于类DQBl基因。同一个体出现了多种序列的情况,提示白鱀豚的DQB基因可能存在着座位重复。白鱀豚的类DQBl座位的序列中存在多种基序的不同组合,推测是由于基因转换造成的。
白鱀豚, MHC类DQBl(, DQBL-like), 座位, 基因重复, 基因转换
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【期刊论文】线粒体DNA序列分析在中国水域真海豚物种鉴定中的初步应用
杨光, 王加连, 刘海, 周开亚, 魏辅文
兽类学报,2003,23(2):120~126,-0001,():
-1年11月30日
真海豚包括长喙真海豚和短喙真海豚2种,而中国水域的真海豚到底是哪一个种或是否同时有两个种的存在,并不清楚。本研究测定了12头中国水域真海豚mtDNA控制区366bp和细胞色素b(cytochInrnfIb,cyt 6)基因336 bp的序列,并与已发表的其它真海豚的序列合并分析,初步鉴定中国水域真海豚的分类地位。结果表明,中国水域的真海豚与东太平洋的长喙真海豚有相同的鉴别位点,且两者之间的核苷酸歧异度(控制区:1.93±0.22%,cyt 6基因:0.68±0.19%)显著低于与短喙真海豚之间的差异(控制区:2.92±0.41%,cyt 6基因:0.95±0.27%)。通过MJGA (rnokcular evolutionary genetic analysis)软件中的邻接法进行的系统发生分析中,中国水域的真海豚与长喙真海豚聚成一支,有明显较近的亲缘关系。因此,中国水域的真海豚在分类上应归属于长喙真海豚。
真海豚, 线粒体DNA, 控制区, 细胞色素b基因, 中国水域
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【期刊论文】中国大陆梅花鹿mtDNA控制区序列变异及种群遗传结构分析
杨光, 刘海, , 魏辅文, 李明, 胡锦矗
动物学报,2003,49(1):53~60,-0001,():
-1年11月30日
测定了37只中国大陆梅花鹿(Cervusnippon)不同种群mtDNA控制区5端351bp的序列,共发现23个变异位点,定义了5种单元型。分子变异分析表明,中国大陆梅花鹿出现了显著的种群分化(Фst=0.45,Fst=0.60,P<0.001),支持把分布于东北、华南和四川的梅花鹿种群归入各自独立的管理单元。中国大陆、日本南部和日本北部之间无共享单元型,且有25个鉴别位点。最小跨度网络图(Minimumspanningnetwork,MSN)和基于最大似然法和邻接法的系统发生分析均把单元型聚类为对应于中国大陆、日本南部和日本北部的三个单系,其中中国大陆和日本南部梅花鹿有相对较近的亲缘关系,支持日本梅花鹿的祖先通过至少两个大陆桥从亚洲迁移到日本的观点[动物学报49(1):53~60,2003]。
梅花鹿, mtDNA控制区, 遗传结构, 保护
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杨光, 任文华, , 魏辅文, 胡锦矗
兽类学报,2002,22(4):264~269,-0001,():
-1年11月30日
采用漩涡模型Vortex mondel 7.3,模拟了马边大风顶自然保护区大熊猫种群在未来100年内的变动趋势。结果显示:在无交配限制、无密度制约、无近亲交配衰退等条件下,马边大风顶自然保护区大熊猫种群数量呈下降趋势;在考虑近交衰退的影响后,遗传多样性水平降低,灭绝率提高;竹子开花虽能加速大熊猫种群的绝灭,但由于保护区分布有多个竹种,因此并不会对大熊猫种群产生灾难性影响;但是人为捕杀可迅速减少大熊猫种群数量,加速其灭绝过程。因此,对该保护区大熊猫进行保护的最重要措施就是严格控制人为捕杀,并保护栖息地及走廊带。
大熊猫, 漩涡模型, 种群生存力分析, 保护
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杨光, 陈旭衍, 任文华, 严洁
遗传,2002,24(6):712~714,-0001,():
-1年11月30日
主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)是脊椎动物体内与免疫应答调节密切相关的一个基因家族,是基因组中多态性最丰富的区域。通过MHC的遗传变异分析可以提供物种的遗传多样性水平、进化历史和种群动态,以及种群遗传结构等信息,并在濒危物种饲养繁殖种群的遗传管理中有重要应用。
主要组织相容性复合体, 遗传多样性, 种群生存力, 种群遗传结构, 饲养繁殖
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