尹佟明
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- 姓名:尹佟明
- 目前身份:
- 担任导师情况:
- 学位:
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学术头衔:
博士生导师, 教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者
- 职称:-
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学科领域:
海洋生物学
- 研究兴趣:
尹佟明,男,生于1970年2月14日.1997年毕业于南京林业大学林木遗传育种专业,获博士学位。先后在中科院遗传所,中科院植物所,中国水稻所,美国华盛顿大学,美国北卡州立大学和法国国家农业实验站进行客座研究和短期进修。并于1999年入选中方代表团,出席在斯洛文尼亚举行的“首届中-斯生物技术交流大会”。本人于2000年8月至2001年12月在瑞典农业大学进行了为期一年半的博士后研究,参加瑞典农大和瑞典皇家工学院联合主持的林木基因组研究计划。2002年初美国能源部启动了杨树全基因组的测序计划,本人与该计划总协调人Gerald A. Tuskan先生取得了联系,并获得项目资助,于2002年1月转到美国能源部橡树岭国家实验室,参加杨树全基因组测序计划研究。杨树的全基因组测序已于2004年11月份发布完成。本人在该计划中主要承担了序列的组装工作。
参加工作已来,先后主持过二项国家自然科学基金项目,主持瑞典国际基金项目一项,并获霍英东基金会资助项目一项。先后参加国家自然科学基金重点项目,863项目及国家科委攻关项目等多项研究,已发表论文37篇,其中16篇为SCI收录论文。参与王明庥院士主编的《林木遗传育种》一书的撰写,该书获国家科委优秀科技图书一等奖。另外,本人于2003年度获得瑞典国际基金会频发的Jubilee Award。 本人于2004年9月份回南京林业大学工作。目前主要承担国家自然科学基金项目研究,并入选2004年教育部“新世纪优秀人才支援计划”。
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【期刊论文】Characterization of microsatellites revealed by genomic sequencing of Populus trichocarpa
尹佟明, Gerald A. Tuskan, Lee E. Gunter, Zamin K. Yang, TongMing Yin, Mitchell M. Sewell, and Stephen P. DiFazio
Can. J. For. Res. Vol. 34, 2004,-0001,():
-1年11月30日
Microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) are highly polymorphic, codominant markers that have great value for the construction of genetic maps, comparative mapping, population genetic surveys, and paternity analyses. Here, we report the development and testing of a set of SSR markers derived from shotgun sequencing from Populus trichocarpa Torr. & A. Gray, a nonenriched genomic DNA library, and bacterial artificial chromosomes. Approximately 23% of the 1536 genomic clones and 48% of the 768 bacterial artificial chromosome subclones contained an SSR. Of the sequences containing an SSR, 72.4% contained a dinucleotide, 19.5% a trinucleotide, and 8.1% a tetranucleotide repeat unit; 26.6% of the sequences contained multiple SSR motifs in a complex or compound repeat structures. A survey of the genome sequence database revealed very similar proportional distribution, indicating that our limited rapid, shallow sequencing effort is representative of genome-wide patterns. In total, 492 primer pairs were designed and these yielded 77 markers that were mapped in an F2 pedigree, including 26 that were sufficiently informative to be included in a Populus framework map. SSRs with GC-rich motifs mapped at a significantly higher frequency than expected, although AT-rich SSRs accounted for the majority of mapped markers due to their higher representation in the genome. SSR markers developed from P. trichocarpa showed high utility throughout the genus, with amplification rates in excess of 70% for all Populus species tested. Finally, at least 30% of the markers amplified in several willow species, suggesting that some of these SSRs will be transferable across genera.
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【期刊论文】利用RAPD标记和单株树大配子体构建马尾松的分子标记连锁图谱*
尹佟明, 黄敏仁, 王明庥*, *, 朱立煌, 翟文学
植物学报1997,39(7):607~612,-0001,():
-1年11月30日
利用300个随机的寡核苷酸引物和马尾松(Pinus massoniana Lamb.)种子的胚乳(大配子体)产生的随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记,进行马尾松标记连锁图谱的构建。经筛选共获得64个稳定的RAPD标记,利用多点连锁分析,其中的48个标记分属于13个不同的连锁群(连锁对),该图谱覆盖的基因组总长度约为692.5cM(centimorgan),标记问平均距离约为14.7cM,它为马尾松连锁图谱的构建提供了一个连锁框架。
随机扩增多态性DNA,, 分子标记连锁图谱,, 马尾松大配子体
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【期刊论文】利用显性分子标记和F1群体进行林木遗传连锁图谱的构建
尹佟明, 黄敏仁, 朱立煌
《生物工程进展》,1996,16(4):12~16,-0001,():
-1年11月30日
构建遗传图谱是当前生物学研究领域中的一个热点,进行图谱构建,林木与作物既有共性。又有各自的特点。因为进行图谱构建一是要有合适的分离群体,二是要有能揭示亲本多态性的遗传标记。两者可利用的遗传标记是一样的,但在进行作图群体构建时却存在一定差异,林木的遗传组成高度杂合,大多数林木为长期异交的树种,一般都有自交不亲合和近交衰退现象,象作物那样利用近交系或其它的高世代群体进行遗传图谱构建是不太可能的。由于研究方法的不同,以前的林木育种工作者很少留意建立和保存谱系清楚的F2和BCl群体,由于林木生命周期很长,建立这样一些高世代的群体也需要很长的时间,而且除了杨树、柳树等一些可在温室内水培杂交的物种,大多数林木的控制授粉杂交操作也是很困难的。因此研究过程中,等待材料的问题成为目前林木遗传图谱构建的主要限制因子之一。如何利用现成的材料和低世代群体,对林木遗传图谱构建工作的广泛开展具有重要意义。下面就这一问题作一些理论上的探讨和分析。
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尹佟明, 黄敏仁
世界林业研究,1995,(3):6~12,-0001,():
-1年11月30日
本文简要介绍了90年代以来利用RFLP和RAPD分子标记构建林木的遗传连锁图谱,并应用高密度的遗传连锁图谱上的分子标记进行林木重要数量性状的QTL作图,进而阐明控制多基因的数目,确定QTL在染色体上的位置,测定单个基因的作用效应。遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位预示林木遗传育种研究将产生深刻的变革。
林木遗传图谱, 数量性状基因位点, 作图群体, 分子标记
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尹佟明, 孙晔, 易能君, 李新军, 黄敏仁X, X, 王明庥
植物学报,1999,40(8):778~780,-0001,():
-1年11月30日
The appraisal of cultivar authenticity is a problem that needs to be settled in agricultural and forestry activities. AFLP is a novel, reliable and effective technique in DNA fingerprint. 42 clones of Populus deltoides Mash. were fingerprinted with the technique. AFLP technique can be widely used in the practical cultivar identification.
AFLP,, 美洲黑杨,, 指纹图谱
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【期刊论文】利用RAPD标记构建响叶杨和银白杨分子标记连锁图谱*
尹佟明, 黄敏仁X, X, 王明庥, 朱立煌, 何平, 翟文学
植物学报,1999,41(9):956~961,-0001,():
-1年11月30日
利用RAPD标记响叶杨(Populus adenopoda Maxim.)×银白杨(P. alba L.)的F1群体,按照拟测交的作图策略,分别构建了响叶杨和银白杨的分子标记连锁图谱。实验过程中对600个随机的寡核苷酸引物进行了重复筛选,共选出128个引物用于作图群体的随机扩增,选择符合1:1分离的拟测交位点。作图群体大小为82个单株(包括双亲)。结果获得了326个拟测交分离位点和7个3:1分离位点。拟测交位点中有238个位点来源于银白杨,有88个位点来源于响叶杨。经偏分离检测,用于银白杨作图的位点共计212个(26个位点偏分离),用于响叶杨作图的位点共计78个(10个位点偏分离)。利用多点连锁分析,银白杨中有189个连锁标记构成了20个不同的连锁群(4个以上标记),6个三连体和16个连锁对,连锁标记覆盖的总图距为2402.4cM(centimorgan)。而响叶杨有41个连锁标记分属于12个不同的连锁群(2个以上标记),标记覆盖的总图距为479.4cM。获得了中等密度的银白杨连锁图谱和响叶杨图谱的一个连锁框架。
分子标记连锁图谱,, 随机扩增多态性DNA,, 响叶杨,, 银白杨,, 拟测交
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【期刊论文】利用RAPD标记构建美洲黑杨×欧美杨分子标记连锁图谱
尹佟明, 张新叶, 诸葛强, 黄敏仁, 朱立煌, 翟文学, 邬荣领, 王明庥
遗传HEREDITAS (Beijing) 2000,22(4):209~213 ,-0001,():
-1年11月30日
本文利用RAPD标记和美洲黑杨(Populus deltoides)×欧美杨(P. euramericana)的F1群体,构建了美洲黑杨×欧美杨的分子标记连锁图谱。实验过程中对1040个寡核苷酸随机引物进行了重复筛选,共选出127个引物用于作图群体(包括双亲共92个无性系)的随机扩增,这127个引物产生229个多态基因座,其中符合“拟测交”1:1分离的有214个。利用多点连锁分析,形成19个连锁群及6个三连体和14个连锁对。由19个连锁群构成的图谱含标记129个,总图距为191412cM,覆盖杨树基因组约73162%。标记间的平均间距为14184cM。本研究获得了中等密度的美洲黑杨×欧美杨的一个连锁框架。
分子标记连锁图谱, RAPD, 美洲黑杨×欧美杨
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尹佟明, 李淑娴, 郑阿宝, 王明庥
植物资源与环境学报,2001,10(2):11-13,-0001,():
-1年11月30日
根据20个不同RAPD随机引物对杨树DNA的扩增结果,对四甲基氯化铵(TMACI)在杨树RAPD扩增反应中的作用进行了研究,发现TMACI可明显改善杨树的RAPD扩增效果,因此TMACI可作为一种有效成分加入杨树RAPD反应体系中。同时比较了不同浓度的TMACI对杨树RAPD扩增反应的影响,确定最适合杨树RAPD扩增反应的TMACI浓度为10~50μmolPL。利用3个具亲缘关系的杨树家系对含TMACI的RAPD反应体系的实验结果进行验证,证实该体系获得的遗传信息是可靠的。
四甲基氯化, RAPD, 扩增反应特异性, 杨树
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尹佟明, 李淑娴, 郑阿宝, 王明庥
植物分类学报,42(5):464-479 (2004),-0001,():
-1年11月30日
木本植物有许多不同于一年生草本植物的生物学特性,生物学家提出将木本植物作为研究多年生植物的模式体系。杨属Populus树种由于研究基础较好且基因组较小,目前已被广泛地接受作为多年生植物基因组研究的模式物种。随着杨属树种全基因组序列的测定,杨属树种在多年生植物的功能基因组研究及一些基础科学问题的研究中将发挥重要作用。本文综述了杨属树种基因组研究的历史、进展及将来的研究热点,旨在为我国多年生植物基因组研究提供参考和借鉴。本文主要论述了以下几个方面的内容:(1)对杨属树种开展的细胞遗传学研究;(2)在分子水平上对杨属树种进行的基因组研究,内容包括遗传作图、基因组测序、物理图谱构建、基因芯片及连锁不平衡分析; (3)杨属树种基因组信息在探讨一些基础科学问题中的潜在应用。
基因组, 多年生植物, 模式物种
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尹佟明, 李东, 陈颖, 黄敏仁, 王明庥
林业科学,2004,40(6):176~180,-0001,():
-1年11月30日
We reported our preliminary study on mapping of the expressed sequence tag (EST) using single- stranded DNA conformation polymorphism (SSCP) on polymerase chain reaction (PCR) product. Five ESTs primer pairs, developed from nuclear genes including CAD(cinnamyl-alcohol dehydrgenase), CHS(chalcone synthase), NIR (nitrite reductase), ARA554 (cDNA expressed in differentiating xylem in Pinus taedae) and GS (glutamine synthetase), were selected to optimize the experimental protocol and generate mapping markers in the megagemtophytes from a single tree of Pinus massoniana. Our ultimate goal was to use SSCP approach to construct a transcriptional map for comparative mapping studies in P. massoniana. The efficiency to construct a transcriptional map in P. massoniana based on the published EST primer pairs derived from other pine species critically depended on the successful amplification of ESTfragments and the ratio of the heterozygous loci revealed in P. massoniana. In this study, 3 (60%) out of 5 tested EST primer pairs were succeeded in amplification, however, only 1 (20%) gene was heterozygous in the tested tree. The ratio of heterozygous loci detected in this study was similar to that revealed by anonymous marker in P. taeda. Therefore, a low efficiency would be expected if the map would be constructed using single pedigree. The segregation ratio of loci revealed by primer pairs would be higher if multiple pedigrees would be used. We proposed that consensus mapping approach based on multiple-pedigree should be used for EST mapping and therefore to increase the efficiency of EST mapping.
单链构象多态性(, SSCP), ,, 表达序列标签(, EST), ,, 马尾松,, 遗传图谱
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