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2009年01月19日

【期刊论文】分子对接与全局极小化方法*

李炜疆, 李炜疆**

生物化学与生物物理进展,2001,28(3):413、513、613、713,-0001,():

摘要

全局极小化方法及其在结构生物学中的应用近年来取得了显著的进展。适当简化的分子对接问题是全局极小化方法的一个很好目标,并且是当前一个相当活跃的研究领域。对接可分为两类:主要用于从头配体设计的细致对接和用于已知化合物数据库筛选以发现药物的粗略对接,它们对全局极小化算法的要求是不同的。简要评述了新出现的适合于对接问题的随机和确定性全局极小化算法,其中势能平滑算法看来很有希望,值得密切关注。

关键词: 分子对接,, 全局极小化,, 势能平滑

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2009年01月19日

【期刊论文】分子对接的随机聚点搜索算法

李炜疆, 张有广, 李炜疆*

生物物理学报,2001,17(1):181~186,-0001,():

摘要

随机聚点搜索算法是一种普遍的全局极小化方法,在目标函数自变量数目不很大时,计算效率较高。将该算法应用于分子对接,首先要通过模型分子对接,反复调整算法各控制参数使效率最高。对于HIV-1蛋白酶与苯甲醚配体的刚性对接,算法成功的找到了相互作用能量全局极小,与晶体结构的均方根偏差(RMSD)仅0.2Å。这表明,该算法可高效率找到分子对接的能量最适构型。

关键词: 随机聚点搜索算法, 刚性分子对接 全局极小化

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2005年02月24日

【期刊论文】肝素与HIV-1膜表面蛋白gp120相互作用的预测和模拟

江涛, 阎作伟, 胡远东, 李松

高等学校化学学报,2004,3(25):522~525,-0001,():

摘要

用分子模拟软件研究肝素与H IV-1膜表面蛋白gp120的相互作用。将肝素中的单糖、二糖和三糖片段作为探针对gp120 蛋白进行搜索,统计分析确定肝素结合区域。用肝素六糖片段和结合区域进行反应分子对接,获得两种结合模式。最终建立的模型能够很好地解释肝素体外抑制H IV-1的现象,同时对其机理进行了推测。

关键词: gp120, 肝素结合区域, 探针, 分子对接

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2008年03月24日

【期刊论文】基于人类疾病相关蛋白质结构数据库的化合物安全性评价与功能预测新方法

刘振明, 刘振明、, 陶鹏, 李清亮, 石磊、, 来鲁华、

,-0001,():

摘要

系统生物学的迅速发展和研究成果揭示了越来越多的蛋白与蛋白、蛋白与小分子化合物之间的相互作用关系、功能以及亚细胞分布信息;进而推动后基因组时代的药物设计从考虑单一的受体结构转向综合考虑配体分子与多种蛋白的作用、以便在尽可能早的设计阶段就能找出分子在人体内可能作用的受体类型及其可能的药效、或者预测其可能的副作用并加以避免。在实验室设计开发的人类疾病相关蛋白质结构数据库(Human Diseases Related Protein Database、 HDRPD)的基础上、我们提出了基于药效团匹配和分子对接的化合物评价策略:以配体分子为提问结构对人类疾病相关蛋白质结构数据库进行反向筛选、根据筛选结果可以得到提问分子在人体内可能的作用受体、并以此为依据进行分子结构改造、以加强配体分子的结合专一性;或者发现提问分子的新型结合受体开发其潜在应用功能。本文选取环氧合酶2 的专一性抑制剂Rofecoxib 和叶酸分子、磷脂酶A2 的抑制剂、按照药效团匹配和分子对接两种方法进行反向筛选评价、结果很好的与实验事实吻合、并且较好的解释了药物分子的某些毒副作用的机理、为未知化合物的功能预测和“老药新用”提供了一种新方法、新思路。

关键词: 反向筛选, 分子对接 药效团, 数据库, 药物设计, 安全性评价

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2008年03月24日

【期刊论文】磷脂酶A2家族的功能性分类研究

刘振明, 李博, 来鲁华

物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao)/ October Acta Phys. Chim. Sin., 2005, 21(10):1143~1145,-0001,():

摘要

采用“结合强度指纹图谱分析”方法、通过对多重分子对接得到的作用强度数据进行聚类矩阵分析对蛋白质进行功能分类。 着重研究了磷脂酶A2家族基于抑制剂作用强度的功能分类、 并且与基于序列的聚类结果进行比较、 成功地解决了序列比对方法不能处理的远源蛋白(cPLA2)的分类问题。

关键词: 指纹图谱, 多重分子对接 功能性蛋白质分类

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2008年04月25日

【期刊论文】基于酮醇酸还原异构酶KARI复合物晶体结构的三维数据库搜寻

王宝雷, 李正名, 马翼, 王建国, 罗小民, 左之利

有机化学2004年第24卷第8期,973~976/Chinese Journal of Organic Chemistry Vol.24, 2004, No.8, 973-976,-0001,():

摘要

以酮醇酸还原异构酶KARI复合物0.165nm高分辨率晶体结构为基础,采用DOCK4.0分子对接程序通过MDL/ACD三维数据库搜寻,找到了279个与KARI结合能较低的小分子,讨论了能量打分较高分子同靶酶的作用模式。这些分子作为潜在的KARI抑制剂为基于KARI的农药分子设计提供了有利指导。

关键词: KARI, 分子对接 三维数据库

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2008年04月25日

【期刊论文】脒类KARI酶抑制剂的分子对接和3D-QSAR研究

王宝雷, 王建国, 马翼, 李正名, 李永红, 王素华

化学学报2006年第64卷第13期,1373~1378/ ACTA CHIMICA SINICA Vol.64, 2006, No.13, 1373~1378,-0001,():

摘要

对设计合成的20个单脒类化合物的水稻KARI酶体外抑制活性和体内除草活性进行了分子对接和三维定量构效关系研究。前者采用Auto Dock3.0方法,研究发现化合物活性变化趋势与分子对接计算结果基本一致,通过分析化合物9与KARI酶活性氨基酸残基结合模式发现,残基Glu319,Asp315,Glu496,Gly253,Met254,Cys517等对氢键和静电相互作用以及疏水作用都有重要贡献;后者研究采用比较分子力场分析(CoMFA)方法,结果表明立体场和静电场对活性的贡献分别为67.8%和32.2%,交叉验证系数r2cv=0.774,非交叉验证r2=0.999,F=1593.134,标准偏差s=0.036,所建立的3D-QSAR模型对化合物除草活性具有较好的预测能力。两种方法研究结果为进一步设计合成更高活性的KARI酶抑制剂提供了指导。

关键词: KARI酶, 分子对接 三维定量构效关系

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