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【期刊论文】长江三角洲晚新生代地层独居石年龄谱与长江贯通时间研究*范代读 ** 李从先 K. Yokoyama 周保春 李保华
范代读, 王 强, 杨守业, 邓兵, 吴国
中国科学D辑地球科学,2004,34(11):1015-1022,-0001,():
PD-99 孔位于长江三角洲南翼, 揭示的晚新生代地层厚313 m. 独居石年龄谱表明, 上新统以350~500 Ma 的颗粒为主, 第四系则以100~275 Ma 的颗粒为主, 反映二者母源区发生了变化. 晚于25 Ma 的独居石颗粒初现层位于高斯正极性带与松山负极性带界线之上(约在2.58 Ma),这是青藏高原隆升对东中国海沉积产生直接影响的开端. 长江河口地层中晚于25 Ma独居石含量变化分为两大阶段, 分别对应于早中更新世青藏高原的快速隆升和晚更新世以来的最强烈隆升.
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【期刊论文】用序列比对设计的茎环结构探针检测金黄色葡萄球菌*
邓乐, 杨旭, 肖潇, 陈章, 李会东, 邓乐**
微生物学通报:2007,34(6):1169~1173,-0001,():
基于金黄色葡萄球菌16SrRNA基因序列,采用序列比对设计了一种茎环结构的寡聚核苷酸探针。探针的环序列即为金黄色葡萄球菌16SrRNA基因序列的其中一个片段,同其他菌种的16SrRNA基因序列误配2个以上的核苷酸,因此能高度专一、灵敏的检测金黄色葡萄球菌16SrRNA。根据分子信标技术和酶联免疫分析的原理,评估一个实验方法,即利用能构象转换的、固定化的茎环结构探针酶联检测靶核酸。由于探针的特异性加强,这个检测系统能有效的排除假阳性即不会出现误配一个核苷酸的情况。采用微量浓度测定分析,最低下限可检测出大约4ng的金葡球菌16SrRNA。这种方法的灵敏度比其他常规检测方法高出了至少一个数量级。
关键词: 序列比对,, 茎环结构探针,, 16S核糖体核糖核酸,, 检测
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邓乐, 叶从勇, 杨旭
生命科学研究:2006,10(3):55~65,-0001,():
分子信标是一种高灵敏度、高特异性的新型荧光核酸探针。它在与互补DNA或RNA靶序列杂交时放出荧光。利用Gemebank中调出已知HBV病毒ayr亚型基因组信息,通过Beacon Designer4.0软件进行分子信标探针设计,共设计出6条分子信标探针,以便于为目前HBV病毒快速诊断提供参考。
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【期刊论文】油田回注水中硫酸盐还原原核生物的快速检测和群落结构分析
吴晓磊, 曾景海, 吴晓磊*, 赵桂芳, 钱易
环境科学,2006,27(5):972~976,-0001,():
利用荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization, FISH) 技术,采用荧光标记的rRNA 探针及其组合对胜利油田胜利采油厂回注水中硫酸盐还原原核生物(Sulfate reducing prokaryotes, SRPs, 包括硫酸盐还原细菌和硫酸盐还原古菌)进行检测,分析了该回注水中SRPs 群落结构。结果表明:SRPs在胜利油田回注水中具有极高的种群多样性,广泛分布于4个细菌门和1个古菌门;总数可达2.86×104个/mL,占回注水中总微生物细胞的20%左右;其中优势菌属为脱硫弧菌属(Desulf ovibrio)和脱硫肠状菌属(Desulf otomaculum), 分别占回注水微生物总细胞数的8.71%(±4.45%),和12.15% (±3.90%)Desulfobacterales 和Syntrophobacterales这2个目中的SRPs, Thermodesulf obacteriales 以及Thermodesulf ovibro属的SRPs分别占样品微生物总量的7159%(±2.92%),3.57%(±1.39%)和2.32%(±0.80%)。除此之外,也检测到了占微生物总量4.29%(±1.75%)的A rchaeoglobus 属的SRPs, 证明了古菌类SRPs是回注水中一个不容忽视的硫酸盐还原微生物种群。FISH法能够快速、准确地检测回注水中SRPs数量,解析SRPs群落结构。
关键词: 荧光原位杂交, 硫酸盐还原原核生物, 基因探针, 群落结构, 绝迹稀释法
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【期刊论文】胜利油田外排水中铁细菌主要类群的检测及群落结构分析*
吴晓磊, 赵桂芳, 吴晓磊**, 曾景海, 李佳, 钱易
应用与环境生物学报,2006,12(6):828~832,-0001,():
根据油田外排水中常见铁细菌的16SrRNA特异性保守序列,设计和合成了4种荧光探针,利用荧光原位杂交方法,分别利用它们对胜利油田孤岛采油厂、胜利采油厂1号和2号综合处理站外排水中存在的铁细菌的种类和数量进行检测,分析了各外排水中铁细菌的群落结构.结果表明,利用基因探针能快速对胜利油田外排水中的铁细菌进行检测:在孤岛采油厂、胜利采油厂1号和2号综合处理站的外排水中,利用4种探针的组合探针检测到的铁细菌细胞数量分别占样品中微生物总细胞数量的11.0%、12.8%和9.0%, 其中Leptothrix和Sphaerotilus,以及Leptospirillum fer-riphilum 为胜利油田外排水中的3种优势铁细菌,分别占水样中总微生物细胞数的2.94%±0.52%~3.39%±0.52%和2.24%±0.16%~2.63%±0.49%;而Leptospirillum ferrooxidans和Acidithiobacillus spp.的种群则较小.3个污水处理站中铁细菌群落结构差异较大,而多样性相差不大.利用4种探针的各种组合对外排水中铁细菌的检测表明,单探针能够很好地分析外排水中铁细菌的群落结构,而组合探针能快速、较准确地检测外排水中铁细菌的数量,比传统的绝迹稀释法具有快速、准确、直观等优点。
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【期刊论文】实时荧光定量RT.PCR在小鼠及人G蛋白mRNA检测中的应用
周元国, 熊仁平, 陈星云, 刘苹, 夏季, 陈建国
中国生物化学与分子生物学报,2005,21(5):685~690,-0001,():
用自行设计的TaqMan双标探针和扩增引物建立检测鸟苷酸结合蛋白(G-protein) mRNA的实时荧光定量RT-PCR技术,用G蛋白纯品绘制定量标准曲线,实时荧光定量PCR仪检测ECV304细胞和小鼠G蛋白mRNA水平.10 timol/L Gqa mRNA反义寡核苷酸(GqaODN)作用ECV304细胞24 h后,Cqa的mRNA表达显著下降(3.18×lOs±1.75 x 108拷贝下降到1.44×106±4.82 x 105拷贝),48h和72 h下降更明显;Gsa和Gi2a酌mRNA表达变化不显著.10 /imol/L Csa mRNA反义寡核苷酸(Gsa ODN)作用ECV304细胞24h后, Csa的mRNA表达显著下降(2.97×108±2.68×107拷贝下降到4.16×106±2.00×106拷贝),48 h和72 h下降更明显;Gqa、Ci2a表达变化不显著,小白鼠油酸致伤后6h, Gqa mRNA表达显著下降(1.16×108±8.73×106拷贝下降到3.30×106±1.68×106拷贝),24 h下降更显著(9.32×107±1.47×107拷贝下降到4.14×106±1.67×106拷贝);Gsa和Gi2a表达变化的趋势同Gqa mRNA.结果准确可靠,重现性好.说明建立的实时荧光定量RT-PCR方法成功地实现了对ECV304细胞和小白鼠肺组织G蛋白不同亚型不同丰度基因表达的检测
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【期刊论文】99Tcm-EC-ASODN 反义探针的合成和标记
李少林, 谢娟, 刘方欣, 王颖
核技术,2005,28(6):449~453,-0001,():
报道反义探针99Tcm -EC-ASODN 的合成和标记。将次乙酰双半胱氨酸(L,L-ethylene dicysteine,EC)与反义寡脱氧核苷酸(Antisense oligodeoxynucleotides,ASODN)进行偶联,形成复合物EC-ASODN,通过核磁共振图谱(1H-NMR)、红外图谱(IR)、紫外(A260)吸收和电泳,鉴定EC-ASODN 复合物的结构。用锝(99Tcm)标记EC-ASODN,通过薄层层析评价99Tcm-EC-ASODN 的标记率、放化纯和稳定性。结果显示,1H-NMR、IR 谱图、紫外吸收和电泳都证实EC 与ASODN 联结形成EC-ASODN,99Tcm -EC-ASODN 的标记率为77.28%,放化纯为97.52%,Rf=0.95-1,4h 内具有很好的稳定性。结论:EC 与ASODN 能形成稳定的复合物EC-ASODN,用99Tcm 标记,方法简便,能得到标记率高和稳定性好的反义探针。
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祁士华, ), 殷鸿福), 王红梅)
SCIENTIA GEOLOGICA SINICA, 35 (1): 71-76,-0001,():
金牙金矿是桂西北微细粒浸染型金矿床具有代表意义的典型矿床。其赋矿层位为三叠系中统百蓬组的富有机碳的浊积岩系。通过对成矿过程中有机包裹体的激光拉曼分子微探针研究认为:(1)有机质在成矿过程中会发生热降解,其降解产物烃的量可衡量热的程度;(2)无机组分和CO2/CH4参数可用于研究热液的地球化学环境。
关键词: 金牙金矿, 有机包裹体, 激光拉曼分子微探针, 烃类, 无机组分
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蓝闽波, 赵红莉, 袁慧慧,
感光科学与光化学第21卷第3期2003年5月/PHOTOGRAPHIC SCIENCE AND PHOTOCHEMISTRY Vol. 21 No. 3 May, 2003,-0001,():
菁染料的研究及应用已有100多年的历史,近年来,它们在生物方面的应用研究已取得一定的成果。本文就近几年菁染料及其衍生物在生物医疗方面的研究及进展情况加以综述,特别阐述了这类染料用作荧光探针在生物大分子标识以及作为光敏剂在光动力疗(PDT)中用于恶性肿瘤的诊断与治疗这两方面的研究进展。
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【期刊论文】肝素与HIV-1膜表面蛋白gp120相互作用的预测和模拟
江涛, 阎作伟, 胡远东, 李松
高等学校化学学报,2004,3(25):522~525,-0001,():
用分子模拟软件研究肝素与H IV-1膜表面蛋白gp120的相互作用。将肝素中的单糖、二糖和三糖片段作为探针对gp120 蛋白进行搜索,统计分析确定肝素结合区域。用肝素六糖片段和结合区域进行反应分子对接,获得两种结合模式。最终建立的模型能够很好地解释肝素体外抑制H IV-1的现象,同时对其机理进行了推测。
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程凯, 闵永达, 陈涛, 董申, 染迎春
机械工程学报,2003,39(9):38~43,-0001,():
扫描探针显微镜(SPM)使人们不仅可以观察到物质表面的微观形貌。还可以微纳米尺度上对样品表面进行加工。这种方法有可能成为未来微纳米器件的主要制作方法,成为推动人类科学和技术发展的新动力。主要介绍基于SPM的三种纳米加工方法:单原于操纵法、阳极氧化法和机械刻蚀法。详细阐述了各自的原理、特点投发展状况,并指出阳捱氧化法是目前最有可能应用在实际生产制造中的加工方法。而机械刻蚀法对不仅可以作为纳米加工的手段,还可以应用于纳米加工机理方面的研究。
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程凯, 董申, 闰永达, 孙涛, 粱迎春
,-0001,():
基于SPM的纳米加工是一种新兴的先进制造技术,是一种非传统的加工方法。本文在综述了近年来基于SPM纳术加工技术的发展状况基础上,介绍了我们近期在这方面的研究工作。我们采用SPM中的AFM:M。结合金刚石针尖,母究了核聚变激光靶球微充气孔的加工工艺及脆性材料单品锗的加工特性。并且我们还将AFM与精密工作台相结台,建立了一套微加工系统。用来加工微结构和微小零件。提供其一种加工二维及三维微小结构的方法。这种方法解决了其 它微纳米加工方法无法解决或难于解决的问题。是一种很有发展前的先进制造技术。
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梁汉东, 李艳芳, 左丹英, 于春海
中国矿业大学学报,2001,30(2):181~184,-0001,():
根据实验和实例数据,探讨了二次离子质谱或激光离子探针质谱在分析数据解析须掌握的基本方法。评价了在煤样分析时对仪器及其质量分辨率的基本要求。提出了一套适用于煤表面分析的二次离子质谱数据解析的基本方法,该方法消除了有机离子干扰,能进行精确质量对比以及同位素丰度比检验。
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李庆阁, 张永有, 栾国彦, 梁基选
HE REDITAS (Beijing) 25 (1): 9~13, 2003,-0001,():
以荧光染料Eam和Joe分别标记野生型和突变型双链探针作为均相检测探针,以构建的DNA模板作为研究模型 采用固定波长差同步荧光分析法对PCR反应产物进行终点检测,通过对HFE基因C282Y点突变的检测,并以限制性内切核酸酶Rsa1证实,该方法是一种廉价、快速、可靠的筛查遗传性血色病基因C282Y突变的方法,该法可扩展到各种基因的突变检测。
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李庆阁, 张永有, 李庆阁*, 梁基选, 朱艳冰
ACTA BIOCHIMICA et BIOPHYSICA SINICA 2002, 34 (3): 329-332,-0001,():
基于分子信标的原理,设计了一种发夹型荧光探针作为限制性内切酶作用的专一底物,来研究限制性内切酶的剪切作用。检测Bg/II和NcoI表明,这种探针不仅可以灵敏、实时地指示内切酶的活性,采用不同荧光标记的探针还可以同时特异地显示双酶切反应中两个酶各自的活性。并且以Rotor2Gene 2000实时荧光PCR仪作仪器检测,实现了高通量的操作。利用其特有的作变温曲线的功能,能很好的区分限制性内切酶与发夹型荧光探针的特异剪切与非特异的结合。
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【期刊论文】双链置换探针实时PCR用于DNA池的等位基因频率测定
李庆阁, 程金平, 梁基选, 李庆阁*
厦门大学学报(自然科学版),2004,113~118,-0001,():
结合荧光双链置换探针的特异性和实时PCR的准确定量能力,建立了一种新颖、准确、价廉且高通量的测定DNA池等位基因频率的方法,该方法采用不同荧光标记的双链置换探针1次PCR反应即可测定出等位基因频率,实验以β-地中海贫血CDs41-42(-TCTT)突变为对象 分别用荧光染料FAM和ROX标记野生型和突变型探针,由实时CR检测建立的等位基因浓度与循环阈值的响应曲线计算DNA池的等位基因频率,结果表明,建立的系列等位基因浓度与循环阈值呈线性关系,线性相关系数分别为0.9977(野生型等位基因)和0.9938(突变型等位基因),可检测的最低等位基因频率达1%等位基因频率在1%~90%范围内测定误差小于4%该方法可广泛用于流行病学调查、遗传连锁分析以及全基因组连锁不平衡扫描等领域。
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李庆阁, 章晓波, 徐洵, ), 李庆阁), 徐丽美)
生物化学与生物理进展,2000,27(3):277~280,-0001,():
将对虾白斑杆状病毒的一段特异性DNA设计成分子信标探针,用于该病毒的PCR检测,温度与荧光强度之间的关系表明,所设计探针的发夹既可以形成也可以打开,符合PCR对分子信标探针的要求,结果表明,在PCR同时加入分子信标探针不影响PCR扩增,分子信标探针只能与目的DNA杂交,具有较高的特异性,随着PCR循环数的增加以及含目的DNA的质粒拷贝数的增加,荧光强度都随之增强。
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钟宁宁, 张大江
地球化学,2000,29(2)180~188,-0001,():
近年来研究沉积有机物的激光诱导荧光特性和发展基于激光的荧光显微探针技术日益受到人们的重视。采用FAMM-98激光荧光显微探针研究了烃源岩显微组分。研究表明,激光荧光显微探针的微束特性使它几乎可以对任何显微镜下可辨认的有机物质颗粒进行微区分析。在激光的诱导下,所有显微组分都会产生可检测到的荧光讯号。显微组分受激光束辐照最终时刻的荧光强度(F400)以及最终荧光强度/初始荧光强度比值(F400/F0)是反映其荧光特性的有效参数。运用多显微组分荧光变化(FAMM)分析方法,可以根据F400-F400/F0凡图解对镜质组反射率测值进行“校正”,解决镜质组反射率受抑制或被增强的“测不准”难题。研究还表明,显微组分的激光诱导荧光强度随着其自身富氢程度的增加呈指数形式增长,因此,这种定量关系可以用来分别检测单个显微组分的富氢程度,进而定量确定其产油气潜力。
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【期刊论文】小麦2簇毛麦易位系6VS/6AL中6VS的遗传传递及其所携Pm21基因的遗传稳定性分析*
刘大钧, 刘金元**, 陶文静***, 刘大钧****, 陈佩度, 李万隆, 向齐军, 段霞瑜
植物学报,1999,41(10):1058~1060,-0001,():
以簇毛麦(Haynaldia villosa(L.)Schur)物种专化重复序列探针pHv62及小麦(Triticum aestivum L.)第六部分同源群短臂专化RFLP探针Psr113对扬94-138(“扬麦158”的改良品系)与易位系92R149 配制的F2群体进行分析,观察到易位系中的6V短臂在杂交后代中的传递率为69. 5%,接近75%的理论值。对来自同一个F1的另外147株F2 群体以6个白粉菌菌株进行苗期抗病性测定,检测结果表明6VS上所携Pm21基因在向“扬麦158”小麦基因型转移时,按显性单基因遗传,并能很好地表达。
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胡小唐, 陈津平*, 胡晓东, 陈峰, 郭彤
Proc. Instn Mech. Engrs Vol. 217 Part D: J. Automobilc Engincering,-0001,():
探讨了外界激振对扫描探针显微镜(SPM)图像的影响。针对DI扫描探针显微镜MultiMode™ SPM,以Tektronix任意波形发生器AWG2021驱动PC扬声器作为激振源,以SIOS微型激光干涉测振仪SP-S为测振系统,研究了0-7kHz频带内SPM机体的简谐迫振对扫描图像的影响。实验表明,针尖-样品副所受激振影响不同于SPM机体;0-1kHz频带内的激振影响显著,再高频段则影响甚微;外界激振与SPM扫描的综合作用影响成像的结果;针尖-样品副的粘弹性模型是SPM振动影响研究的指导理论。
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