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2010年11月30日

【期刊论文】二株广西猪繁殖与呼吸综合征流行毒M基因的克隆和序列分析

罗廷荣, 唐璋辉, 蒋小红, 孙文博, 刘芳, 陆芹章, 黄伟坚, 余克伦

中国预防兽医学报,2004,26(2):90~93,-0001,():

摘要

广西一些养殖场频繁发生以母猪流产、死胎、木乃伊等为特征的流行性传染病,怀疑为猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)所致。利用针对PRRSV的N基因的特异性引物P1和P2,通过RT_PCR技术对分别从广西贵港市(GXGG)和南宁市(GXNN)收集到的可疑病料进行检测,结果两份为阳性。合成针对M基因的引物M1和M2,分别扩增了GXGG和GXNN两株PRRSV的M基因,并进行克隆和测序,得到长582个核苷酸的目的基因片段。应用DNAStar序列分析软件对所测的两个广西毒株与国内外已发表的ATCCVR_2332、LV和CH_la毒株进行同源性比较。分析表明,GXGG与ATCCVR_2332、LV、CH_la的核苷酸同源性分别为9516%、6915%、9717%;GXNN与ATCCVR_2332、LV、CH_la的核酸同源性分别为9419%、6915%、9713%。对推定的氨基酸序列进行了比较,GXGG与ATCCVR_2332、LV、CH_la的氨基酸同源性分别为9717%、8015%、9717%;GXNN与ATCCVR_2332、LV、CH_la的氨基酸同源性分别为9813%、7919%、9711%。说明广西流行毒株与ATCCVR_2332和CH_la的同源性很高,而与LV毒株的同源性很低。从本研究构建的系统发育树分析,广西流行的PRRSV与ATCCVR_2332株的亲缘关系比较密切。

关键词: PRRSR, M基因, 同源性

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2010年11月30日

【期刊论文】广西流行的猪瘟病毒株E2基因序列测定及分析

罗廷荣, 廖素环, 吴显实, 刘芳, 陆芹章, 黄伟坚, 温荣辉, 秦爱珍, 余克伦

中国生物制品学杂志,2005,18(3):196~199,-0001,():

摘要

目的对广西流行的猪瘟病毒E2基因进行序列测定及分析。方法应用PCR对15株猪瘟病毒E2基因进行扩增、克隆及测序,利用DNAstar分析软件对所测定的15株毒株与兔化弱毒(HCLV)、石门(Shimen)毒株的相应基因片段进行同源性分析。结果得到长度为1092nt猪瘟病毒E2基因,编码364个氨基酸残基的目的基因片段。广西株与HCLV、Shimen株的核苷酸同源性分别为8115%~8218%和8218%~8413%,推导的氨基酸同源性分别为8711%~8818%和8815%~8919%,广西毒株之间核苷酸与推导的氨基酸同源性分别为9213%~9919%和9418%~100%。广西15株猪瘟病毒E2蛋白上的全部半胱氨酸(Cys)位点均未改变,推测其E2蛋白的抗原结构保持很高的稳定性。但广西毒株中与特定单克隆抗体结合的724、725、729、734和738位的氨基酸发生了变异,这些变异可能导致不完全免疫保护。把所测定的广西15株与国内外已发表的19株病毒相应序列进行比较,建立系统发育树,所比较的34株猪瘟病毒被分为两个群,广西毒株皆属于基因群?。结论成功进行了广西流行猪瘟病毒E2基因序列分析,为进一步探讨猪瘟病毒E2蛋白的抗原结构提供了依据。

关键词: 猪瘟病毒, E2基因, 同源性 变异

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2009年04月27日

【期刊论文】23S rRNA基因序列分析及其在细菌鉴别诊断中的应用

江丽芳, 洪帮兴, 胡玉山, 方丹云, 郭辉玉

中华微生物学和免疫学杂志,2004,24(3):241~244,-0001,():

摘要

目的 研究细菌23S rRNA基因序列的差异,为细菌鉴别诊断和相关研究提供科学依据。方法 设计合适的通用引物、寻找恰当的扩增条件扩增常见细菌的23S rRNA基因片段。通过序列测定和运用生物信息学分析不同种属细菌23S rRNA基因的保守序列、变异规律及菌株间种系进化关系。结果 扩增出常见引起食源性感染的16属(种)细菌23S rRNA基因片段。部分扩增产物进行了限制性酶切鉴定和序列测定。序列比较研究获得21个23S rRNA的通用保守序列,23S rRNA基因保守序列与变异区在种系间呈间隔分布,大量变异区呈“马赛克”式分布。种系间进化关系与16SrRNA分析结果一致。结论 23S rRNA基因序列的分布规律为进行细菌的鉴别诊断及基因芯片的研制提供了重要的理论和实验基础。

关键词: 23S rRNA, 同源性 遗传学

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2005年10月12日

【期刊论文】风疹病毒JR23株包膜糖蛋白E2的遗传与变异分析

王志玉, 王小凡, 王战勇, 薛永磊, 宋艳艳

病毒学报,2003,19(2):109~113,-0001,():

摘要

为了探讨风疹病毒(rubella virus, RV)包膜粮蛋白E2的基因与蛋白的遗传与变异特点,利用DNAstar软件比较JR23株与GenBank中各参考株E2的基因与多肽序列,分析不同RV株E2基因之间的同源性及E2蛋白功能关键区的氨酸变异。结果表明,RV E2基因序列比较保守,但JR23析E2基因序列与其它9个分离析之间有明显差异,变异主要集中在484nt-554nt。同源性为90.3%-92.6%之间,与美国疫苗株RA27/3同源性最高,与美国疫苗株HPV77同源性最低,GenBank中的参考株间同源性较高,在96.3%-100.0%之间。E2多肽变异集中于161aa-185aa,但在E2功能关键区,如N端序列、N联粮基化位点、胞质区等则无明显变异。表明RV E2基因序列相对保守,虽然JR23株与GenBank中各参考株的E2基因序列有明显差异,但JR23株E2蛋白在功能关键区表现出遗传稳定性。此结果为阐明RV分子流行病学特征提供了理论依据,也为研究RV分子进行特征病毒与宿主细胞的相互作用奠写了坚实的基础。

关键词: 风疹病毒, E2基因, 同源性

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2005年03月03日

【期刊论文】黑麦A, B染色体着丝粒区同源性的荧光原位杂交分析

陈瑞阳, 张荣信, 陈成彬, 李秀兰, 宋文芹, 陈瑞阳*

科学通报,1999,44(5):520~525,-0001,():

摘要

显微切割了4条黑麦B染色体着丝粒区片段,用连接接头扩增方法(linker adapter PCR, LA-PCR)扩增,得到100-2000bp的扩增产物,用DIC-11-dUTP标记PCR产物进行荧光原位杂交分析,结果表明,此PCR产物业源于黑麦B染色体着丝粒区且和A染色体着丝粒区有较高的同源性,为探讨B染色体起源于A染色体提拱了佐证。

关键词: 黑麦B染色体,, 着丝粒区,, 显微切割,, 同源性,, 荧光原位杂交

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2004年12月28日

【期刊论文】萘降解质粒pND6-1中萘趋化基因nahY的克隆和核苷酸序列分析

蔡宝立, 蔡宝立*, 刘斌, 马琳, 王学刚

应用与环境生物学报2002,8(6):662~665,-0001,():

摘要

假单胞菌(Pseudomonas)ND6菌株的萘降解基因位于102kb的质粒pND6-1上。以pUC18质粒为载体,制备了含有1.5~3.0kb pND6-1 DNA随机片段的基因文库。通过DNA测序和DNA序列的同源性分析,从基因文库中筛选出含有萘趋化基因nahY的克隆。nahY基因的大小为1617bp,编码的萘趋化蛋白由538个氨基酸组成,与假单胞菌G7菌株的nahY基因相比,核苷酸序列的同源性是96.7%,编码的氨基酸序列的同源性是95%。图4参7

关键词: 假单胞菌, 萘质粒, 趋化基因, 同源性分析

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2005年03月04日

【期刊论文】华南地区HGV的流行状况和同源性分析

李刚, 廖家杰, 马会慧, 梁英杰, 姚集鲁, 姚春斓, 苏永洪, 汤文辉, 崇雨田, 陈青

中华微生物学和免疫学杂志,1999,19(3):206~210,-0001,():

摘要

目的 了解华南地区庚型肝炎病毒(HGV)的流行状况及HGV不同株和不同基因区的同源性。方法 采用逆转录聚合酶链反应技术(RT 2PCR) 检测来自广东、香港、云南的不同人群血清标本共1991份。对其中20份的5'端非编码区(5'U TR)238bp和3份非结构蛋白5区(N S5)621bp进行了序列测定和同源性分析。结果 一般人群HGV RNA阳性率为(0173~1134)%,献血员(2152~2190)%,静脉吸毒者17186%,血液透析患者14113%,接受骨髓移植者41167%,在非甲~ 戊型肝炎病人为25130%,肝细胞癌14148%,乙型肝炎7122%,丙型肝炎(8133~16113)%。不同株5'U TR 同源性介乎(90140~100)%;不同株N S5区核苷酸同源性(93130~94100)%,氨基酸为(97~9912)%。结论 接受骨髓移植、血液透析、静脉吸毒者,乙型、丙型、非甲~戊型肝炎病人及肝细胞癌患者是HGV的高感染人群。不同HGV株存在一定的地区性差异;同一地区不同人群的HGV 株变异不明显;序列中存在高度保守区及较大变异区。

关键词: 庚型肝炎病毒, 聚合酶链反应, DNA序列分析, 同源性

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