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2011年01月14日

【期刊论文】Prediction of subcellular protein localization based on functional domain composition

曾振柄, Peilin Jia a, b, e, Ziliang Qian a, ZhenBin Zeng g, Yudong Cai c, d, *, Yixue Li a, f

Biochemical and Biophysical Research Communications 357 (2007) 366–370,-0001,():

摘要

暂无

关键词: Protein subcellular localization Pfam, Nearest Neighbor Algorithm

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2010年12月06日

【期刊论文】基于位置特异性谱和输入加权神经网络的蛋白质亚细胞定位预测

王正志, 邹凌云, 黄教民

December 2007, 34(12): 1080-1087,-0001,():

摘要

蛋白质必须处于正确的亚细胞位置才能行使其功能。文章利用PSI-BLAST 工具搜索蛋白质序列,提取位点特异性谱中的位点特异性得分矩阵作为蛋白质的一类特征,并计算4 等分序列的氨基酸含量以及1~7 阶二肽含量作为另外两类特征,由这三类特征一共得到蛋白质序列的12个特征向量。通过设计一个简单加权函数对各类特征向量加权处理,作为神经网络预测器的输入,并使用Levenberg-Marquardt 算法代替传统的EBP 算法来调整网络权值和阈值,大大提高了训练速度。对具有4类亚细胞位置和12类亚细胞位置的两种蛋白质数据集分别进行“留一法”测试和5倍交叉验证测试,总体预测精度分别达到88.4%和83.3%。其中,对4类亚细胞位置数据集的预测效果优于普通BP 神经网络、隐马尔可夫模型、模糊K 邻近等预测方法,对12类亚细胞位置数据集的预测效果优于支持向量机分类方法。最后还对三类特征采取不同加权比例对预测精度的影响进行了讨论,对选择的八种加权比例的预测结果表明,分别给予三类特征合适的权值系数可以进一步提高预测精度。

关键词: 亚细胞定位, 位置特异性迭代BLAST, 位置特异性得分矩阵, 加权函数, BP 神经网络

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2010年08月31日

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2015年08月09日

【期刊论文】Dynamic localization and the associated translocation mechanism of HMGBs in response to GCRV challenge in CIK cells

苏建国, Youliang Rao, Jianguo Su*, Chunrong Yang, Nana Yan, Xiaohui Chen and Xiaoli Feng

Cellular & Molecular Immunology 2015; 12(3): 342-353.,-0001,():

摘要

暂无

关键词: grass carp (, Ctenopharyngodon idella), grass carp reovirus, HMGBs, innate immunity, subcellular localization

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2006年07月14日

【期刊论文】Subcellullar localization of tumor-associated antigen 3H11Ag

寿成超, Jianhui Guoa, Genglin Jina, Lin Menga, Hong Maa, Dezhi Niza, Jian Wua, Lan Yuanb, Chengchao Shoua, *

Biochemical and Biophysical Research Communications 324(2004)922-930,-0001,():

摘要

暂无

关键词: Subcellular localization, 3H11Ag, BLAST, PSORT II, Coiled coil, Cell fractionation

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