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2020年04月21日

【期刊论文】蜜蜂球囊菌基因结构优化及新基因鉴定

郭睿, 陈华枝, 童新宇, 熊翠玲, 郑燕珍, 付中民, 解彦玲, 王海朋, 赵红霞, 陈大福

中国农业大学学报,2019,24(1):61-68

2019年01月15日

摘要

蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis特异性侵染蜜蜂幼虫而导致白垩病。本研究利用RNA-seq技术对球囊菌菌丝和孢子进行深度测序,基于高质量的转录组数据对已注释基因进行结构优化,对未注释基因进行预测、鉴定和分析。本研究通过将测序得到的clean reads比对参考基因组和转录本重构,共对101个已注释基因的5'端或3'端进行了延长;利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共鉴定出373个新基因,随机挑选10个新基因进行RT-PCR验证,8个能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的多数新基因真实存在。进一步分析结果显示有147个球囊菌新基因可注释到Nr和eggNOG数据库中;85个新基因富集在29个GO条目;66个新基因富集在33条代谢通路;上述结果表明本研究预测出的新基因可能在球囊菌的新陈代谢和细胞生命活动中发挥重要作用。研究结果为球囊菌的基因结构和功能注释信息提供了有益补充,也为新基因的功能研究打下了初步基础。

关键词: 蜜蜂球囊菌, 转录组, 已注释基因, 结构优化 新基因

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2020年05月06日

【期刊论文】基于中华蜜蜂幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂基因组的基因结构优化及新基因鉴定

熊翠玲, 王海朋, 郑燕珍, 付中民, 徐国钧, 童新宇, 赵红霞, 陈大福, 郭睿

中国农业大学学报,2019,24(3):86-93

2019年03月15日

摘要

东方蜜蜂(Apis cerana)全基因组测序工作已经完成,但其基因结构和注释信息仍需进一步完善。本研究利用前期获得的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂基因组的已注释基因进行结构优化、对未注释的新基因进行预测、分析和鉴定。利用 Cufflink 软件对 reads 进行转录本重构,通过与参考转录本序列进行比较,共对3366个东方蜜蜂的基因结构进行了优化。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共预测出527个东方蜜蜂的新基因,其中234个新基因在Nr 和KEGG数据库中存在注释信息随机选取12个新基因进行PCR鉴定,有11个能够扩增出符合预期的目的片段,表明多数预测出的新基因真实存在。GO分类和KEGG代谢通路分析结果显示上述新基因可能在东方蜜蜂的生长发育、物质代谢、遗传信息传递等方面具有重要功能。研究结果丰富和完善了东方蜜蜂基因组的基因结构与功能注释信息,也为新基因的功能研究打下了初步基础。

关键词: 东方蜜蜂, 基因组, RNA-seq, 基因结构优化 新基因, 鉴定

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