采用末端限制性片段长度多态性分析（T2RFLP）技术和16S rDNA克隆文库的方法, 分析了黄河三角洲滨海湿地土壤不同深度细菌和古菌的群落结构。研究表明, 随着深度的增加, 细菌群落的多样性下降, 而古菌群落多样性则有上升的趋势, 且土壤的细菌和古菌群落结构都呈现出规律的层状分布。该土壤包括各种硫酸盐还原菌、产甲烷古菌、光合细菌等丰富的细菌和古菌资源。

根据油田外排水中常见铁细菌的16SrRNA特异性保守序列，设计和合成了4种荧光探针，利用荧光原位杂交方法，分别利用它们对胜利油田孤岛采油厂、胜利采油厂1号和2号综合处理站外排水中存在的铁细菌的种类和数量进行检测，分析了各外排水中铁细菌的群落结构.结果表明，利用基因探针能快速对胜利油田外排水中的铁细菌进行检测:在孤岛采油厂、胜利采油厂1号和2号综合处理站的外排水中，利用4种探针的组合探针检测到的铁细菌细胞数量分别占样品中微生物总细胞数量的11.0%、12.8%和9.0%, 其中Leptothrix和Sphaerotilus，以及Leptospirillum fer-riphilum 为胜利油田外排水中的3种优势铁细菌，分别占水样中总微生物细胞数的2.94%±0.52%～3.39%±0.52%和2.24%±0.16%～2.63%±0.49%；而Leptospirillum ferrooxidans和Acidithiobacillus spp.的种群则较小.3个污水处理站中铁细菌群落结构差异较大，而多样性相差不大.利用4种探针的各种组合对外排水中铁细菌的检测表明，单探针能够很好地分析外排水中铁细菌的群落结构，而组合探针能快速、较准确地检测外排水中铁细菌的数量，比传统的绝迹稀释法具有快速、准确、直观等优点。

末端限制性酶切片段长度多态性分析（terminal restriction hagment length polymorphism，T-RFLP）是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一。由于其在微生物群落结构分析方面的特点，包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势，自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用，成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一。本文详细介绍了T-RFLP技术的原理，并从环境样品群落DNA的提取、引物设计和PCR扩增、限制性酶切、电泳分离检测和T-RFLP图谱解析等5个方面讨论了用该技术解析环境微生物群落的方法和技巧，简述了近8a来国外T_RFLP技术在群落分析中的研究进展。类似于其他的分子微生物生态学技术，T-RFLP也有自身的缺陷，因此重点分析了该技术的局限性及相应的解决办法。

利用荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization, FISH） 技术，采用荧光标记的rRNA 探针及其组合对胜利油田胜利采油厂回注水中硫酸盐还原原核生物（Sulfate reducing prokaryotes, SRPs, 包括硫酸盐还原细菌和硫酸盐还原古菌）进行检测，分析了该回注水中SRPs 群落结构。结果表明：SRPs在胜利油田回注水中具有极高的种群多样性，广泛分布于4个细菌门和1个古菌门；总数可达2.86×104个/mL，占回注水中总微生物细胞的20%左右；其中优势菌属为脱硫弧菌属（Desulf ovibrio）和脱硫肠状菌属（Desulf otomaculum）, 分别占回注水微生物总细胞数的8.71%（±4.45%），和12.15% （±3.90%）Desulfobacterales 和Syntrophobacterales这2个目中的SRPs, Thermodesulf obacteriales 以及Thermodesulf ovibro属的SRPs分别占样品微生物总量的7159%（±2.92%），3.57%（±1.39%）和2.32%（±0.80%）。除此之外，也检测到了占微生物总量4.29%（±1.75%）的A rchaeoglobus 属的SRPs, 证明了古菌类SRPs是回注水中一个不容忽视的硫酸盐还原微生物种群。FISH法能够快速、准确地检测回注水中SRPs数量，解析SRPs群落结构。

采用油井采出液培养基和加入无机盐成分的改良油井采出液培养基，对大庆油田萨北过渡带油井采出液中的细菌进行分离培养及初步鉴定，比较了两种情况下培养出的具有硝酸盐和/或亚硝酸盐还原，以及/或反硝化能力菌群结构的差异。利用采出液培养基培养出一组新的微生物菌株，并且分离的硝酸盐和/或亚硝酸盐还原菌，以及/或反硝化细菌（Nitrate/nitrite reducing bacteria, denitrifying bacteria, NRDB）比例明显高于无机盐- 采出液培养基；但培养基中无机盐成分的添加，提高了可培养NRDB的群落生物多样性。仅仅向油井采出液中直接投加硝酸盐作为电子受体，对其中硝酸盐还原、亚硝酸盐还原和反硝化微生物（NRDB）的激活作用以及产抑制硫化物产生的能力有限，而同时加入分离自采出液的NRDB和硝酸盐则对硫酸盐还原菌（SRB）的生长和产硫化物活性都产生了明显的抑制。但是NRDB与硝酸盐同时投加对不同SRB的抑制效果并不相同，导致了SRB群落结构的变化。