应用末端标记限制性片段长度多态性（Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism, T2RFLP）和克隆文库分析，以微生物群落16S rRNA基因（16S rDNA）为目标，对大庆油田过渡带油井采出液 （于2005年7月和10月取样）中的微生物群落结构进行了解析和比较。T2RFLP分析表明，2005年7月和10月油井采出液中古菌群落结构较为单一，随时间变化不大；而细菌群落结构较为复杂，不同时间群落中的优势菌有明显的差别。古菌和细菌16S rDNA片段测序和系统发育分析表明，大庆油田过渡带油井采出液古菌群落中的优势菌均为产甲烷菌；细菌群落中的优势菌则与β、γ、δ、ε变形杆菌（Proteobacteria） 、拟杆菌（Bacte-roidetes）和脱铁杆菌（Deferribacteres）有较高的相似性, 细菌群落中检出了大量的未培养微生物（Deep-branching lineages）。

受粪便污染的水体可能含有严重威胁人类和动物健康的致病微生物，由于病原微生物在水环境中往往数量较少、检测比较困难，通常采用检测与病原微生物具有密切关系的指示微生物来指示和估计病原污染。指示微生物包括总大肠菌群及其替代微生物，已被广泛应用于水体污染程度检测等方面。总结了各种指示微生物的特性、应用范围以及检测方法等方面的最新研究进展。初步介绍了指示微生物和水环境之间的关系，着重介绍了判断病原微生物污染来源的指示微生物及其最新检测方法。

末端限制性酶切片段长度多态性分析（terminal restriction hagment length polymorphism，T-RFLP）是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一。由于其在微生物群落结构分析方面的特点，包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势，自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用，成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一。本文详细介绍了T-RFLP技术的原理，并从环境样品群落DNA的提取、引物设计和PCR扩增、限制性酶切、电泳分离检测和T-RFLP图谱解析等5个方面讨论了用该技术解析环境微生物群落的方法和技巧，简述了近8a来国外T_RFLP技术在群落分析中的研究进展。类似于其他的分子微生物生态学技术，T-RFLP也有自身的缺陷，因此重点分析了该技术的局限性及相应的解决办法。

根据油田外排水中常见铁细菌的16SrRNA特异性保守序列，设计和合成了4种荧光探针，利用荧光原位杂交方法，分别利用它们对胜利油田孤岛采油厂、胜利采油厂1号和2号综合处理站外排水中存在的铁细菌的种类和数量进行检测，分析了各外排水中铁细菌的群落结构.结果表明，利用基因探针能快速对胜利油田外排水中的铁细菌进行检测:在孤岛采油厂、胜利采油厂1号和2号综合处理站的外排水中，利用4种探针的组合探针检测到的铁细菌细胞数量分别占样品中微生物总细胞数量的11.0%、12.8%和9.0%, 其中Leptothrix和Sphaerotilus，以及Leptospirillum fer-riphilum 为胜利油田外排水中的3种优势铁细菌，分别占水样中总微生物细胞数的2.94%±0.52%～3.39%±0.52%和2.24%±0.16%～2.63%±0.49%；而Leptospirillum ferrooxidans和Acidithiobacillus spp.的种群则较小.3个污水处理站中铁细菌群落结构差异较大，而多样性相差不大.利用4种探针的各种组合对外排水中铁细菌的检测表明，单探针能够很好地分析外排水中铁细菌的群落结构，而组合探针能快速、较准确地检测外排水中铁细菌的数量，比传统的绝迹稀释法具有快速、准确、直观等优点。