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【期刊论文】用细胞色素易部分序列研究斑马鱼的分子分类与系统发育*
邹记兴, 项方①, 邹记兴②, 邓凤姣①**, 刘思阳①, 隋阳①
动物学杂志,2004,39(5)13~18,-0001,():
-1年11月30日
用细胞色素b特异性引物,对长尾斑马鱼、短尾斑马鱼、豹纹斑马鱼、食蚊鱼和青石斑鱼的总DNA进行PcR扩增、克隆、测序后与Genhank数据库的团头鲂、青鳓鱼、草鱼、金桔鱼的细胞色素b基因同源序列进行序列比较。结果显示,长度为426 bp的细胞色素b同源序列的平均碱基组成是:26.7%A,26.1%,16.6%,30.5%T,密码子第三位点的碱基组成存在较大的偏倚,G的含量仅占6.4%。长尾斑马鱼、短尾斑马鱼和豹纹斑马鱼之间细胞色素b DNA序列变异很小,相似性高于99%。NJ法构建的分子系统树表明:豹纹斑马鱼先与长尾斑马鱼聚在一起,再与短尾斑马鱼聚为一组。本研究结果支持Frankel和David等人认为豹纹斑马鱼应该是Danio rerio的一个亚种,而不是单独的一个种的观点。
斑马鱼, 分子分类, 系统发育, 细胞色素b
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【期刊论文】6种重要经济鱼类生长激素完整cDNA的克隆和序列分析
邹记兴, 张竞男, 宋平, ①, 胡珈瑞, 莫赛军, 彭茂宇, 周伟, 胡隐昌
遗传学报,2005,32(1):19~29,-0001,():
-1年11月30日
通过RT-PCR、3'-RACE、5'-RACE方法,从6种重要经挤鱼类 大眼鳜(Siniperca kneir)、石斑鱼(Epi-nephelus coioides)、黄鳝(Monopterus albus)、鲶鱼(Silurus asotus)、泥鳅(Misgurnus anguillicaudaus)和方正银鲫(Carassiu auratus gibelio Bloch, Fang Zheng crucain carp)中克隆了生长激素(Growth Homone, GH)的完整cDNA序列(除石斑鱼序列外,其他生长激素序列均系第一次克隆),并详细分析了其序列特征。测序结果显示,克隆的6种GH cDNA长度依次为953bp、1023bp、825bp、1082bp、1154bp和1180bp,它们均包含一个长度为600个左右核昔酸的完整阅读框,分别编码一个200个右氨基酸的蛋白:大眼鳜、石斑鱼和黄鳝GH为204个氨基酸,鲶鱼GH,200个氨基酸,泥鳅和方正银鲫GH 21 0个氨基酸。这6种蛋白序列与其他已知的鱼类GH序列都有较高的同源性,特别是与相同目的鱼类序列相比。通过序列比对,在这些蛋白序列内鉴定了许多保守的氨基酸残基,其中的大多数聚集而成5个保守域。基于这6种鱼类序列的编码区和其他鱼类的GH编码序列进行分子系统学分析,结果(MP和NJ树)与根据形态特征构建的系统发育树基本一致,特别是在硬骨鱼类较大分类阶元(目间、目以上)的系统发育研究方面比较一致,尽管仍存在一定差异,说明生长激素基因的编码区应该在硬骨鱼类系统发育研究领域得到更多的重视。
生长激素, 完整cDNA, 序列分析
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【期刊论文】细胞色素b部分序列探讨石斑鱼属的分子系统发育关系
邹记兴, 朱世华, 杨迎春, 郑文娟, 沈锡权
水生物学报,2006,30(4):432~438,-0001,():
-1年11月30日
石斑鱼的分类在学术界尚存在很多争议。本文采用PcR技术,测定了分布于中国的点带石斑鱼(Epinepheluscoioioes)、青石斑鱼(E. cwoara)、六带石斑鱼(E. sexfasciatus)、褐石斑鱼(E. brunneus),长棘石斑鱼(E. longispinis),吻斑石斑鱼(E. spilotoceps),巨石斑鱼(E. tauvina)以及石斑鱼亚科侧牙鲈属的侧牙鲈(Variola louti)的线粒体细胞色素6基因402bD的序列,结合GenBank提供的7种中国无记录的石斑鱼:青铜石斑鱼(E. aeneus)、海丰石斑鱼(E. haifensis)、犬牙石斑鱼(E. labriformis)、东大西洋石斑鱼(E M肥。删琊)、白斑石斑鱼(E m此㈨捌琊)、德氏石斑鱼(E. drummondhay)、淡点石斑鱼(E. labriformis),把这14种石斑鱼作为内群,对他们的序列组成和结构特点进行了分析;并以同为科(Serranidae)、石斑鱼亚科(Eprinephelinae)的侧牙鲈属(Variola)的侧牙鲈作外群,分别用MP法、NJ法对内、外群构建了分子系统树,结果表明:(1)14种石斑鱼402bp的叫DNA cv b部分序列的碱基组成上,A+T的含量为53.6%高于G+c含量(46.4%),序列中转换颠授比为4 78,没有突变饱和;(2)青石斑鱼与六带石斑鱼、点带石斑鱼与巨石斑鱼、长棘石斑鱼与吻斑石斑鱼分别聚在一起,与形态分类结果一致;(3)系统树中,大西洋与太平洋种类各枝交替汇合,表明石斑鱼的cvt 6序列有严格的保守性,也可能是协同进化的结果;(4)揭示在良种选配或遗传管理时,避免居于同枝的石斑鱼混交,将大西洋种类与太平洋种类杂交可能是遗传改良的一种途径。
细胞色素b, 石斑鱼属, 分子系统发育关系
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【期刊论文】从细胞色素b基因序列探讨笛鲷属的分子系统发生关系*
邹记兴, 朱世华, 杨迎春, 沈锡权, 邹记兴*, 郑文娟, 余红卫, 黄勃
动物学报,2006,52(3):514~521,-0001,():
-1年11月30日
测定了9种中国南海的笛鲷属鱼类的细胞色素6基因的部分序列,结合来自GenBank中1种分布于菲律宾和9种分布于美国大西洋的笛鲷属鱼类的相应同源序列,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果显示:红鳍笛鲷(Lutjonus eryhroplerus)与红笛鲷(L. sanguineus)之司的同源序列碱基差异百分率只有0.32%,支持二者是同种异名的观点;中国南海的笛鲷属鱼类司的平均碱基差异要高于美国大西洋笛鲷属鱼类。在MP和NJ树中,美国大西洋笛鲷表现为亲缘关系较近,来源于中国南海的笛鲷鱼类相对集中在树的基部,分歧较大。这与所研究的笛鲷地理分布和地理隔离基本相一致,同时也说明中国南海笛鲷分化较早并且分歧较大动
笛鲷属, 线粒体DNA, 细胞色素6基因, 分子系统发生
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