以2个品种鸡亲本及其F1代基因组为实验材料，使用荧光标记替代甲基敏感扩增片段多态性（methylation sensitive amplified polymorphism, MSAP）方法中的同位素杨，优化了实验条件，建立了荧光标记的甲基敏感扩增片段多态性方法（fluorescent labeled methylation sensitive amplified polymorphism, F-MASP）。结果显示，鸡个体基因组的甲基化模式分为3种，甲基化片段约占40%；F1代与亲本比较，F1代甲基化多态模式约有95%来自亲本，变异的甲基化位点约5%，虽然变异的甲基化点数量少但种类多，共发现14种甲基化程度减弱型，12种甲基化程度增强型，结果表明，F-MSAP是一种有效地检测鸡基因组甲基化的方法，可以用于其他真核生物尤其是基因组复杂、甲基化多态性丰富的高等动物植物基因组甲基化研究。