采用限制性内切核酸酶HaeIII对蒙古山羊和哈萨克山羊GOLA-DRB3基因外显子2的285bp扩增产物进行了PCR-RFLP多态性分析，共检测到17种基因型，由A、B、C、D、E、F和H等7个复等位基因控制；通过酶切图谱分析发现蒙古山羊和哈萨克山羊的GOLA-DRB3基因外显子2的154、168和220位碱基表现出多态性。并对基因型频率和等位基因频率进行了统计分析，结果表明，GOLA-DRB3基因的部分基因型频率和等位基因频率在两个群体之间差异显著(P<0.10或P<0.05)或极显著(P<0.01)；X2适合性检验结果表明，蒙古山羊和哈萨克山羊的GOLA-DRB3基因外显子2的HaeIII酶切位点均未达到Hardy-Weiberg平衡状态(P<0.01)。