目的 分析吲哚美辛（Indomethacin，IN）对人结肠癌细胞系HCT116蛋白质表达谱的影响，为研究IN抗结肠癌作用的相关蛋白提供新的方法。方法 应用固相pH梯度（Immobilized pH gradient，IPG）双向凝胶电泳技术（two-dimensional gel electrophoresis，2-DE）分离IN－处理组和未处理组HCT116细胞的总蛋白，银染显色，ImageMaster 2D图像分析软件比较分析IN－处理组和未处理组HCT116细胞系的双向凝胶电泳图谱并识别差异表达的蛋白质。结果 获得了背景清晰、分辨率高、重复性好的HCT116细胞系的双向凝胶电泳图谱，IN-未处理组与处理组蛋白质点数为：1256±50，1169±36；匹配率为：93.0%，90.6%。IN-未处理组的3块胶在蛋白质点位置上有较好的重复性，不同胶间蛋白质点在等电聚焦（Isoelectric focusing，IEF）方向的偏差是0.896±0.177mm，在十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳（Sodiumdo-decylsufate-polyacrylamide gel electrophoresis，SDS-PAGE）方向的偏差为1.106±0.289mm。比较分析IN-处理组和未处理组HCT116细胞的双向凝胶电泳图谱，发现IN-处理组和未处理组共有45个差异点，IN-处理组有9个蛋白质点表达上调，34个蛋白质点表达下调，2个蛋白质点仅在IN-未处理组表达。结论 首次建立了IN-处理和未处理HCT116细胞的双向凝胶电泳图谱，识别了45个差异表达的蛋白质点，对这些差异蛋白质点的鉴定将为揭示IN抗结肠癌作用的机理提供实验依据。