石斑鱼的分类在学术界尚存在很多争议。本文采用PcR技术，测定了分布于中国的点带石斑鱼（Epinepheluscoioioes）、青石斑鱼（E. cwoara）、六带石斑鱼（E. sexfasciatus）、褐石斑鱼（E. brunneus），长棘石斑鱼（E. longispinis），吻斑石斑鱼（E. spilotoceps），巨石斑鱼（E. tauvina）以及石斑鱼亚科侧牙鲈属的侧牙鲈（Variola louti）的线粒体细胞色素6基因402bD的序列，结合GenBank提供的7种中国无记录的石斑鱼：青铜石斑鱼（E. aeneus）、海丰石斑鱼（E. haifensis）、犬牙石斑鱼（E. labriformis）、东大西洋石斑鱼（E M肥。删琊）、白斑石斑鱼（E m此㈨捌琊）、德氏石斑鱼（E. drummondhay）、淡点石斑鱼（E. labriformis），把这14种石斑鱼作为内群，对他们的序列组成和结构特点进行了分析；并以同为科（Serranidae）、石斑鱼亚科（Eprinephelinae）的侧牙鲈属（Variola）的侧牙鲈作外群，分别用MP法、NJ法对内、外群构建了分子系统树，结果表明：（1）14种石斑鱼402bp的叫DNA cv b部分序列的碱基组成上，A+T的含量为53.6%高于G+c含量（46.4%），序列中转换颠授比为4 78，没有突变饱和；（2）青石斑鱼与六带石斑鱼、点带石斑鱼与巨石斑鱼、长棘石斑鱼与吻斑石斑鱼分别聚在一起，与形态分类结果一致；（3）系统树中，大西洋与太平洋种类各枝交替汇合，表明石斑鱼的cvt 6序列有严格的保守性，也可能是协同进化的结果；（4）揭示在良种选配或遗传管理时，避免居于同枝的石斑鱼混交，将大西洋种类与太平洋种类杂交可能是遗传改良的一种途径。