【目的】预测、分析和鉴定意大利蜜蜂（Apis mellifera ligustica）工蜂肠道的长链非编码RNA（lncRNA），探究lncRNA的作用。【方法】结合RNA-seq技术和链特异性cDNA建库方法对意蜂工蜂中肠进行深度测序；利用Perl脚本对原始数据进行过滤；联用CPC和CNCI软件对测序数据进行lncRNA预测，并比较lncRNA基因与其邻近的蛋白编码基因的结构特征；通过RT-PCR对随机选取的lncRNA进行鉴定；利用相关生物信息学软件对lncRNA、的上下游基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析。【结果】意蜂工蜂中肠样品的lncRNA-seq共得到1 956 118 858原始读段，经过滤得到1 946 489 304有效读段，共预测出6 353个lncRNA，它们较蛋白编码基因含有较少的外显子数、较短的转录本长度。通过RT-PCR验证了9个lncRNA的表达。lncRNAs的上下游基因富集在42个GO条目和256条代谢通路，进一步分析结果表明这些lncRNAs参与调控意蜂工蜂中肠的新陈代谢和细胞生命活动等生物学过程。【结论】研究结果丰富了蜜蜂的lncRNA信息，也为阐明lncRNA在意蜂工蜂中肠发育及胁迫响应过程中的作用打下了基础。

【目的】本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序，对球囊菌的microRNAs(miRNAs)进行预测、鉴定和分析，进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【方法】利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序，通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析，通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定，利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【结果】本研究共获得48268696条clean reads，预测出118个球囊菌的miRNAs，它们的长度分布介于18–25 nt之间，不同长度的miRNA的首位碱基偏好性差异明显。Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段，说明多数miRNAs可能真实存在。共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因，其中的5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库。进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路。Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络，绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs。【结论】本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析，研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识，为其基础生物学信息提供了有益补充，也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础。

东方蜜蜂（Apis cerana）全基因组测序工作已经完成，但其基因结构和注释信息仍需进一步完善。本研究利用前期获得的中华蜜蜂（Apis cerana cerana）幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂基因组的已注释基因进行结构优化、对未注释的新基因进行预测、分析和鉴定。利用 Cufflink 软件对 reads 进行转录本重构，通过与参考转录本序列进行比较，共对3366个东方蜜蜂的基因结构进行了优化。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对，共预测出527个东方蜜蜂的新基因，其中234个新基因在Nr 和KEGG数据库中存在注释信息随机选取12个新基因进行PCR鉴定，有11个能够扩增出符合预期的目的片段，表明多数预测出的新基因真实存在。GO分类和KEGG代谢通路分析结果显示上述新基因可能在东方蜜蜂的生长发育、物质代谢、遗传信息传递等方面具有重要功能。研究结果丰富和完善了东方蜜蜂基因组的基因结构与功能注释信息，也为新基因的功能研究打下了初步基础。

【目的】长链非编码RNA（lncRNA）在真核生物的基因表达、表观遗传和细胞周期调控等方面发挥重要功能。本研究旨在探究意大利蜜蜂（Apis mellifera ligustica, 简称意蜂）工蜂肠道发育过程中lncRNAs的表达谱及其作用。【方法 】本研究利用RNA-seq技术和链特异性建库方法对意蜂7 d和10 d工蜂肠道（Am7, Am10）进行深度测序，下机的原始数据经过Perl脚本过滤得到高质量有效读段。利用bowtie工具将有效读段比对核糖体数据库，进一步利用TopHat2软件将未比对到核糖体数据库上的数据比对到参考基因组。利用CPC和CNCI软件对转录本的编码能力进行预测。通过RT-PCR对部分lncRNAs进行鉴定。利用edgeR软件进行差异表达lncRNAs（DElncRNAs）分析，进而预测lncRNAs的上下游基因，并对上下游基因进行GO及KEGG代谢通路富集分析。联用RNAhybrid、Miranda和TargetScan软件预测DElncRNAs靶向结合的miRNAs及miRNAs靶向结合的靶基因，并通过Cytoscape软件构建DElncRNAs-miRNAs-mRNAs的调控网络。最后，通过RT-qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】Am7和Am10的深度测序分别获得147 051 470和134 802 058条原始读段，经严格过滤分别得到160 844 082和160 537 248条有效读段；共得到3 890个DElncRNAs，包括2 005个上调lncRNAs与1 885个下调lncRNAs。RT-PCR验证结果显示共有8个lncRNAs能扩增出符合预期的目的片段，表明预测出的lncRNAs真实存在。DElncRNAs的上下游基因数为1 793个，它们涉及42个GO条目，包括代谢进程、发育进程、细胞进程、应激反应和免疫系统进程等；这些上下游基因还涉及251条代谢通路，包括碳代谢、嘌呤代谢和脂肪酸的生物合成等物质代谢通路，硫代谢、甲烷代谢和氧化磷酸化等能量代谢通路， Hippo信号通路、Wnt信号通路和Notch信号通路等信号通路，溶酶体、内吞作用和泛素介导的蛋白水解等细胞免疫通路，以及MAPK信号通路、Jak-STAT信号通路和NF-kappa B信号通路等体液免疫通路，上述结果表明DElncRNAs 在意蜂肠道发育过程中参与物质和能量代谢、细胞生命活动和免疫调控。进一步分析发现TCONS_00020918可通过调控西方蜜蜂王浆主蛋白1编码基因在意蜂工蜂中肠的营养吸收、级型分化中发挥调控功能。DElncRNAs的调控网络分析结果显示DElncRNAs与miRNAs、mRNAs间存在复杂的调控关系，部分DElncRNAs处于调控网络的中心位置且能靶向结合较多的miRNAs，也有部分miRNAs可被多个DElncRNAs共同靶向，表明这些DElncRNAs可能在肠道发育中发挥重要作用。随机挑取5个DElncRNAs进行RT-qPCR验证，结果显示它们的表达量变化趋势与测序结果一致，证实了本研究测序数据的可靠性。【结论 】率先对意蜂工蜂肠道发育过程中的lncRNAs及其功能进行深入分析，研究结果提供了意蜂工蜂肠道发育过程中的DElncRNA信息，揭示了DElncRNAs广泛参与意蜂工蜂肠道的新陈代谢、细胞活动和免疫调控以及作为竞争性内源RNA（ceRNA）发挥作用，也为关键lncRNA的筛选和功能研究提供了必要的数据支持。

Circular RNAs (circRNAs) are newly discovered endogenous non-coding RNAs (ncRNAs) that play key roles in microRNA function and transcriptional regulation. Though a large number of circRNAs had been identifed in animals and plants, however, little is known regarding circRNAs in Nosema ceranae, a widespread fungal parasite of honeybee. In this study, using deep sequencing technology and bioinformatic analysis, we predicted 204 circRNAs from N. ceranae spore samples, including 174 exonic circRNAs and 30 intergenic circRNAs. In addition, the expression of seven N. ceranae circRNAs was confrmed by RT-PCR assay. Furthermore, regulation networks of circRNAs were constructed, and 15 circRNAs were found to act as sponges of the corresponding three miRNAs. GO categorization and pathway enrichment analysis suggested that the circRNAs are likely to play signifcant roles in N. ceranae spore. This is the frst report of circRNAs generated by a microsporidia species. Our results provide novel insights into understanding the basic biology of N. ceranae.