【目的】前期已对意大利蜜蜂（Apis mellifera ligustica，简称意蜂）7日龄工蜂中肠（Am7）、10日龄工蜂中肠（Am10）进行全转录组测序，基于高质量的组学数据探究中肠发育过程中的差异基因表达谱及其调控网络，以期解析意蜂工蜂中肠发育的分子机理。【方法】根据FPKM（fragments per kilobase of transcript per million mapped reads）算法计算基因表达量，并以|log2 fold change|≥1且P≤0.05作为标准筛选得到差异表达基因（differentially expressed gene，DEG）。利用TargetFinder软件预测ame-miR-6001-3p的靶mRNA。利用相关生物信息学软件，对全部DEG进行GO和KEGG数据库注释。筛选出与AMPK、P13K-Akt、Wnt、cAMP、FoxO、Hippo、mTOR、Jak-STAT、Toll-like受体、TGF-beta、Notch、MAPK和NF-κB等13条信号通路存在富集关系的DEG，以及与ame-miR-6001-3p存在靶向结合关系的DEG，通过Cytoscape软件构建调控网络将其富集关系与调控关系可视化。利用茎环反转录PCR（Stem loop RT-PCR）和实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验证ame-miR-6001-3p以及DEG在Am7和Am10中的差异表达情况。【结果】Am7 vs Am10比较组中共有1 038个DEG，包括515个上调基因和523个下调基因。这些DEG涉及细胞进程、代谢进程和催化活性等功能条目，并显著富集在氧化磷酸化、氨基糖与核苷酸糖代谢、脂肪酸代谢和嘌呤代谢等能量和物质代谢通路，表明工蜂中肠内存在旺盛细胞生命与新陈代谢活动。表达量聚类分析发现分别有20、18、15和14个DEG富集在 AMPK信号通路、P13K-Akt信号通路、内吞作用和Hippo信号通路。57个DEG与P13K-Akt、Wnt、Jak-STAT等上述13条与生长发育和免疫防御相关的信号通路存在富集关系，且1个DEG可与多条信号通路存在富集关系。调控网络分析结果显示，分别有54个上调基因和44个下调基因可被ame-miR-6001-3p靶向结合；上调基因富集在磷酸肌醇代谢、胰岛素信号通路、Hippo信号通路和谷胱甘肽代谢等43条代谢通路，而下调基因富集在Hippo信号通路、新陈代谢途径、谷胱甘肽代谢和花生四烯酸代谢等20条代谢通路。RT-qPCR结果显示随机挑选的6个DEG的表达量变化趋势与测序数据一致，证实了本研究中基因差异表达真实可靠。此外ame-miR-6001-3p在Am7和Am10内均真实表达，并在Am10中的相对表达量显著较低。【结论】对意蜂工蜂中肠发育过程的DEG表达谱和DEG与ame-miR-6001-3p之间的调控关系，以及DEG的潜在作用进行深入分析和探讨，发现DEG可参与TGF-beta、Wnt、Hippo、Notch、PI3K-Akt、mTOR、AMPK和NF-κB等各类信号通路进而影响中肠的生长发育和免疫防御，DEG可通过与显著下调表达的ame-miR-6001-3p形成复杂的调控网络参与意蜂工蜂中肠发育过程中胰岛素信号通路等多条代谢途径。

【背景】球囊菌是一种典型的蜜蜂真菌性病原，特异性地侵染蜜蜂幼虫。目前，有关球囊菌在侵染过程中的基因表达规律的信息极为有限。【目的】通过深入分析胁迫意大利蜜蜂（(意蜂）)幼虫肠道的球囊菌及其纯培养的高表达基因（(HEGs）)差异，探索球囊菌在胁迫意蜂幼虫肠道后期与胁迫前的基因表达规律。【方法】本研究利用RNA-s eq技术对球囊菌胁迫的意蜂6日龄幼虫肠道（(AamT）)及球囊菌纯培养(（AaCK)）进行深度测序，根据FPKM值筛选得到球囊菌的HEGs，进而通过GO及KEGG富集分析、Venn分析对上述HEGs进行功能预测和生物学意义挖掘。【结果】AaCK与AamT的转录组测序共得到105 447 578条原始读段(（rRaw reads)），经过滤得到88 466 344条有效读段(（cClean reads )），两端平均Q20为97.50%，平均Q30为93.81%。GO富集分析结果显示，AaCK的HEGs富集于26个GO term，基因富集数最多的是细胞((22 uUnigenes))，其次是细胞组件((22 uUnigenes))和代谢过程((21 uUnigenes))；AamT的HEGs富集于22个GO term，基因富集数最多的是催化活性(（23 uUnigenes)），其次是细胞进程((18 uUnigenes))和代谢过程((18 uUnigenes))。KEGG代谢通路(（pPathway)）富集分析显示，AaCK的HEGs富集在109个pPathway上，基因富集数最多的是核糖体 ((179 uUnigenes))，其次是氨基酸生物合成(（70 uUnigenes)）和碳代谢(（62 uUnigenes)）；AamT的HEGs富集在114个pPathway上，基因富集数量最多的是核糖体(（178 uUnigenes)），其次是碳代谢(（116 uUnigenes)）和氧化磷酸化(（112 uUnigenes)）。Venn分析结果显示，AaCK与AamT的共有HEGs有260个，二者特有的HEGs分别为2 161和4 445个。【结论】研究结果提供了胁迫意蜂6日龄幼虫肠道的球囊菌及其纯培养的HEGs表达谱，揭示了球囊菌在胁迫前和胁迫后期的基因表达规律，也为阐明球囊菌致病的分子机理提供了有益的信息和线索。

Ascosphaera apis is a widespread fungal pathogen of honeybee larvae, which causes heavy losses in apiculture. To date, knowledge about non-coding RNA (ncRNA) including circular RNA (circRNA) in A. apis is lacking. In this study, A. apis mycelia and spores were sequenced using RNA-seq technology. A total of 551 circRNAs were predicted on the basis of bioinformatic analyses, and most of the circRNAs were 200–600 bp in length, which were different from animal and plant circRNAs. In addition, the expression of six circRNAs in A. apis were confirmed using divergent and convergent PCR. Moreover, circRNA-microRNA regulation networks in A. apis were constructed, and further investigation showed that A. apis circRNAs could regulate gene expression by competitively binding miRNAs. GO and KEGG pathway enrichment analyses of the miRNAs target genes of circRNAs demonstrated that these A. apis circRNAs are likely to play key roles in metabolism, environmental response and gene expression.

N osema ceranae is a widespread fungal pathogen of honeybees, which is infective to all castes in the colony, including queens, drones and workers. Nosemosis caused by N. ceranae poses a big challenge for apiculture all over the world. In this articleHere, midguts of normal and N. ceranae-infected Apis cerana cerana workers at 7 (10) days post infection (dpi) were sequenced utilizing small RNA sequencing (sRNA-seq). Totally, 150.54 Mb raw reads were produced in this article, and 144.26 Mb high-quality clean reads with a mean ratio of 95.83% were obtained after strict filtering and quality control. For more insight please see “Comparative identification of microRNAs in Apis cerana cerana workers' midguts responding to Nosema ceranae invasion” [1]. Raw data are available in NCBI Sequence Read Archive (SRA) database under the BioProject number PRJNA487111. Our data can be used for investigating differentially expressed microRNAs (miRNAs) and piRNAs and their regulatory roles engaged in A. c. cerana response to N. ceranae infection, and for offering potential candidates for uncovering the molecular mechanisms regulating eastern honeybee-microsporidian interactions.

为探究中华蜜蜂（Apis cerana cerana）与意大利蜜蜂（Apis mellifera ligustica）幼虫的球囊菌抗性差异产生的原因，利用Venn分析、GO分类分析、KEGG代谢通路分析以及Ka/ks分析对二者的转录组进行比较研究。Venn分析结果显示，中蜂与意蜂的同源基因有17 656 个，归属于8 111 个基因家族，二者的特有基因分别有1 158和241 个，分别归属于458和86 个基因家族。GO分类结果显示，中蜂和意蜂的特有基因分别富集在38和28 个GO条目。KEGG代谢通路富集分析结果显示，中蜂和意蜂的特有基因分别富集于96和21 个代谢通路；进一步分析发现中蜂的特有基因富集在内吞作用、溶酶体、泛素介导的蛋白水解和黑化作用等4 个细胞免疫通路，以及MAPK信号通路和Toll-like受体信号通路等2 个体液免疫通路，而意蜂仅有1 个特有基因富集在MAPK信号通路。Ka/Ks分析结果显示受到强烈正向选择、弱正向选择、中性选择和负向选择的单拷贝同源基因分别有37、281、2 630和3 269 个。对受到强烈正向选择的基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析，GO结果显示中蜂和意蜂的单拷贝同源基因富集的GO 条目类型相同；KEGG结果显示中蜂的单拷贝基因仅富集在氧化磷酸化。上述结果表明免疫相关基因数量的差异是二者的球囊菌抗性差异产生的重要原因之一，中蜂在与球囊菌的协同进化过程中可能通过提高能量利用从而限制球囊菌的增殖。本研究结果可为阐明中蜂及意蜂幼虫的球囊菌抗性差异产生的分子机制提供参考。