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吴孝兵, 吴孝兵①③, 王义权①②*, 周开亚①, 朱伟栓①, 聂继山④, 王朝林④
科学通报,2003,48(18):1954~1958,-0001,():
-1年11月30日
通过酶切、克隆、测序、结合Long-PCR和PrimerWalking法对扬子鳄线粒体DNA基因组进行全序列测定,结果表明,扬子鳄线粒体基因组DNA序列全长为16746bp,其基因组碱基组成为29.43%A,24.59%T,14.86%G,31.12%C.与其他大多数脊椎动物相同,其基因组由13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因及1个非编码的控制区(D-loop)组成,基因的排列与已测序的鳄类相似在全序列分析的基础上,对12SrRNA基因序列、16SrRNA基因序列、蛋白质编码基因序列及其合并数据用MP法和ML法构建系统发生树,结果表明扬子鳄与密河鳄的亲缘关系较近,支持传统观点根据树的支长数值估计钝吻鳄属发生的时间为74.9MaBP,扬子鳄与密河鳄分歧的时间为50.9MaBP.
扬子鳄, 线粒体基因组, 全序列, 系统发生, 分歧时间
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吴孝兵, 史燕, 吴孝兵**, 晏鹏, 赵哲
动物学报,2004,50(2):297~301,-0001,():
-1年11月30日
运用一种改进的提取方法,作者从鞣制皮革中成功地提取了总DNA,同时还对尾尖皮、鳞片、盐腌生皮等皮质进行了DNA提取;用12SrRNA基因扩增的通用引物、扬子鳄鉴别引物、微卫星引物及RAPD引物进行PCR扩增,并对部分扩增结果进行测序,以检验提取效果。结果证明,几种皮质标本都可提取出DNA,其中尾尖皮和鳞片的提取效果较好,用四种引物都可扩增出明显亮带;盐腌生皮和鞣制皮提取结果也很好,并且用12SrRNA通用引物、扬子鳄鉴别引物扩增的亮带较明显,可进行扬子鳄皮质用品等的分子鉴定及部分序列的扩增和测序研究[动物学报50(2):297-301,2004]。
扬子鳄, 皮革, 总DNA, PCR
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【期刊论文】扬子鳄MHC Ⅱ类B基因第二外元的克隆及序列分析
吴孝兵, 史燕, 吴孝兵*, 晏鹏, 陈壁辉
动物学研究,2004,25(5):415~421,-0001,():
-1年11月30日
3头扬子鳄血样取自宣城安徽省扬子鳄繁殖研究中心。利用一对简并引物对MHCⅡ类B基因第二外元的部分片段进行扩增;通过克隆、单链构象多态性分析、测序,并将测得序列与下载的8个物种MHC序列比对,确定序列差异和变异位点;利用MEGA软件构建NJ树,PAUP4.0构建MP树。结果得到10种不同的序列,片段长166bp。核苷酸序列中有38个变异位点,氨基酸序列中有23个变异位点;推定的抗原结合位点非同义替换(dN)明显高于同义替换(dS)。10种序列的NJ树和MP树极为相似,均为A、B两个分支,两个分支明显的特异性位点核苷酸序列中有9个,氨基酸序列中有7个。表明扬子鳄MHCⅡ类B基因第二外元有较高的多态性,有利于扬子鳄饲养种群的遗传保护。
扬子鳄, MHC Ⅱ类B基因第二外元, 序列分析
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